### R代码从vignette源的ensemble blvep。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:设置 ################################################### 库(ensemblVEP ) ################################################### ### 代码块2号:man_page (eval = FALSE ) ################################################### ## ? ensemblVEP # # ? VEPFlags ################################################### ### 代码块3号:default_VEPFlags ################################################### 参数< - VEPFlags()参数标记(参数 ) ################################################### ### 代码块数量4:hostChange ################################################### 参数< - VEPFlags(旗帜=(主机= " useastdb.ensembl.org列表 ")) ################################################### ### 代码块5号:rtn_GRanges ################################################### fl < -系统。文件(“extdata”、“gl_chr1。vcf”,包= " VariantAnnotation”)gr < - ensemblVEP (fl, param)头(gr, 3 ) ################################################### ### 代码块6号:set_vcf ################################################### 参数< - VEPFlags(旗帜=列表(vcf = TRUE,主人= " useastdb.ensembl.org ")) vep < ensemblVEP (fl,参数 ) ################################################### ### 代码块7号:rtn_VCF ################################################### 信息(vep) CSQ美元 ################################################### ### 代码块8号:parseCSQToGRanges ################################################### hg19“vcf < - readVcf (fl) csq < - parseCSQToGRanges (, VCFRowID = rownames (vcf)) (csq 3 ) ################################################### ### 代码块9号:map_rownames ################################################### vcf [csq VCFRowID美元” "] ################################################### ### 代码块10号:output_file_default ################################################### 旗帜(参数)美元output_file ################################################### ### 代码块11号:output_file_filename ################################################### 旗帜(参数)output_file <——“/ mypath / myfile美元 " ################################################### ### 代码块12号:ouput_slot ################################################### ## 写一个myfile vcf文件。vcf: myparam <- VEPFlags(flags=list(vcf=TRUE, output_file="/path/myfile.vcf")) ##写入gvf文件到myfile。养狐业:myparam < - VEPFlags(旗帜=列表(养狐业= TRUE, output_file = /道路/ myfile.gvf)) # #写一个标签分隔文件myfile.txt: myparam < - VEPFlags(旗帜= (output_file = " /道路/ myfile.txt列表 ")) ################################################### ### 代码块13号:samplefile ################################################### fl < -系统。文件(“extdata”、“ex2。vcf”,包= " VariantAnnotation ") ################################################### ### 代码块14号:runtime1 (eval = FALSE ) ################################################### ## 参数< - VEPFlags(旗帜=列表(监管= TRUE,主机= " useastdb.ensembl.org ")) # # gr < ensemblVEP (fl,参数 ) ################################################### ### 代码块数量15:runtime2 (eval = FALSE ) ################################################### ## 参数< - VEPFlags(国旗=列表(格式=“已”,# # =“所以”,# #符号= TRUE,主机= " useastdb.ensembl.org ")) # # gr < ensemblVEP (fl,参数 ) ################################################### ### 代码块16号: runtime3 (eval = FALSE) ################################################### ## param <- VEPFlags(flags=list(coding_only=TRUE, ## check_existing=TRUE, ## symbol=TRUE, host="useastdb.ensembl.org")) ## gr <- ensemblVEP(fl, param) ################################################### ### code chunk number 17: sessionInfo ################################################### sessionInfo()