# # - - - - -设置,包括= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(echo = TRUE,警告= FALSE) # #——installpkg, eval = FALSE,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #如果!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“enrichTF”) # #——loading00, eval = TRUE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(enrichTF) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #在床上你的地区列表格式提供3列。foregroundBedPath < -系统。文件(包=“enrichTF”、“extdata”、“testregion.bed”) #叫整个管道PECA_TF_enrich (inputForegroundBed = foregroundBedPath基因组=“testgenome”) #“testgenome”改为“hg19”之一,“hg38”、“mm9”、“mm10”!“testgenome”只是一个测试的例子。# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - printMap () # #——loading01 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - setGenome (testgenome) foregroundBedPath < -系统。文件(包=“enrichTF”、“extdata”、“testregion.bed”)创< - genBackground (inputForegroundBed = foregroundBedPath) # #——loading02 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - conTG < - enrichRegionConnectTargetGene(创)# #——loading03 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - findMotif < - enrichFindMotifsInRegions(创motifRc =“集成”)# # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -结果< - enrichTFsEnrichInRegions(创)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(magrittr) setGenome (testgenome) foregroundBedPath < -系统。文件(包=“enrichTF”、“extdata”、“testregion.bed”)结果< - genBackground (inputForegroundBed = foregroundBedPath) % > % enrichRegionConnectTargetGene % > % enrichFindMotifsInRegions (motifRc = "集成")% > % enrichTFsEnrichInRegions # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - examplefile < -系统。文件(包=“enrichTF”、“extdata”、“result.example.txt”)阅读。表(examplefile, 9 = \ t,头= TRUE) % > % knitr:: kable () # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()