1可以将Amplican用于Talens，Nickase或其他类型的基因组编辑吗？

是的，扩增器可以正常使用或多或少使用。预期的编辑站点仍应作为上限字母放置，但是在二聚体的情况下，应跨越两个绑定位点之间的区域。然后，通常将指南序列列设置为与大写区域相同。如果您有控件，则应确保其指南列和组列与规范化的实验相同。

2我有一个我想用于许多指南的控件吗？我应该如何设计配置文件？

扩增器在其标准化方面具有多功能性。在默认管道中，GuiderNA和组列确定了哪些实验已归一化。控制列指定与案例相对的控制。平均匹配GuiderNA和组的控件，并用于将具有相同GuiderNA和组的案例组的每个读数归一化。

在上面的示例中，使用默认配置，实验ID 1和2将使用ID 3进行标准化，而ID 5和6则使用ID 4。

但是，作为替代方案，用户只能通过指定来通过GuiderNA匹配来归一化归一化= C（“ Guiderna”）在里面AmplicanPipeline。如果是这样，将平均ID 3和4用于使所有情况归一化，因为所有实验都具有匹配的GuiderNA。

3什么是独特的读物？

唯一的读取是当所有重复项仅计数一次时的读数。对于配对末端的测序，我们将正向和反向读取为唯一的组合。这是您读取的异质性的简单指标。

如果您有很多读物，但是很少有独特的内容，则意味着许多读物是相同的。可能是因为CRISPR没有削减或以高度特定的方式切割。如果您的唯一读取数量很高，那么您的读取大多是彼此不同的。测序错误，对准和马赛克CRISPR活动可能有助于这一点。这两种情况都可以在成功的实验中发生，但是通常会更频繁地采样一些读物。

4为什么reads_edsed与reads_del和reads_ins的总和不同？

reads_del是具有删除的读数的数量，reads_ins是具有插入的读数。reads_edited是具有任何编辑的读数，可以包括插入和删除的读取。

5Amplican可以处理ABI文件吗？

扩增器目前可以直接处理ABI，但是可以使用其他软件将ABI转换为FASTQ文件。

6我什么时候应该调整标准化的临界值？

主要有两个理由改变归一化阈值：

1. 当需要高精度（低于0.01％）时，降低归一化阈值（例如）是有益的。min_freq = 0.001如果您有足够的测序深度

2. 当您具有同质遗传背景或测序深度较低时，将阈值设置为更高的阈值可能是有益的，例如min_freq = 0.1。

3. 您怀疑/期望您的阅读中会有索引跳跃，在这种情况下，您应该将阈值调整为例如min_freq = 0.03正如预期的那样，索引跳高水平可以高达0.02频率，如果默认情况下阈值，则可以在归一化过程中像遗传背景相混淆。

从不匹配图中可以明显看出这一点，在该图中，控件中的不匹配的频率线应该使您了解背景噪声级别是什么。

7当我没有使用唯一的双索引池组合时，什么？

您可以调整标准化阈值min_freq = 0.15或使用功能扩增的临时保存。