### R代码来自Vignette源'TR_2005_02.RNW'############################################################ ###代码块编号1：TR_2005_02.RNW：42-50 ###########################################################oldopt）}）选项（width = 70）if（Interactive（））{options（error = recuce）} set.seed（123）##############################################################################################）############################## ###代码块编号3：TR_2005_02.RNW：158-160 ########################################################################################################vars < - appl（e，1，var）e < - e [vars> notile（vars，0.9），] diana2means（e）diana2means（e，return.cut.cut = true）################################代码块编号5：TR_2005_02.RNW：199-201 ###########################################################################################################################“ GO：0006915”，“ HU6800”）######################################################## ###代码块编号7：TR_2005_02.RNW：231-232 ######################################################################################### tr_2005_02.Rnw:240-241 ################################################### adSplit(Golub_Merge, "GO:0007165", "hu6800", max.probes=7000) ################################################### ### code chunk number 9: tr_2005_02.Rnw:286-287 ################################################### EID2PSenv <- makeEID2PROBESenv(hu6800ENTREZID) ################################################### ### code chunk number 10: tr_2005_02.Rnw:293-294 ################################################### drawRandomPS(10, EID2PSenv, ls(EID2PSenv)) ################################################### ### code chunk number 11: tr_2005_02.Rnw:308-309 ################################################### scores <- randomDiana2means(20, exprs(Golub_Merge), "hu6800", ndraws = 1000) ################################################### ### code chunk number 12: tr_2005_02.Rnw:319-324 ################################################### scores2 <- randomDiana2means(20, exprs(Golub_Merge), "hu6800", ndraws = 1000, ignore.genes=5) par(mfrow=c(1,2)) hist(scores, nclass=30, main="", col="grey") hist(scores2, nclass=30, main="", col="grey") ################################################### ### code chunk number 13: tr_2005_02.Rnw:337-338 ################################################### glutamSplits <- adSplit(Golub_Merge, "KEGG:00251", "hu6800", B=1000) ################################################### ### code chunk number 14: tr_2005_02.Rnw:346-347 ################################################### print(glutamSplits) ################################################### ### code chunk number 15: tr_2005_02.Rnw:360-362 ################################################### x <- adSplit(Golub_Merge, c("GO:0007165","GO:0006915"), "hu6800", max.probes=7000) print(x) ################################################### ### code chunk number 16: tr_2005_02.Rnw:378-379 ################################################### x <- adSplit(Golub_Merge, "KEGG", "hu6800") ################################################### ### code chunk number 17: tr_2005_02.Rnw:381-382 ################################################### print(x) ################################################### ### code chunk number 18: tr_2005_02.Rnw:387-390 ################################################### data(golubKEGGSplits) print(golubKEGGSplits) summary(golubKEGGSplits$qvalues) ################################################### ### code chunk number 19: tr_2005_02.Rnw:421-423 ################################################### data(golubKEGGSplits) hist(golubKEGGSplits) ################################################### ### code chunk number 20: tr_2005_02.Rnw:437-438 ################################################### image(golubKEGGSplits, filter.fdr=0.3, outfile="splitSet.eps", res=300)