# # - - - - - eval = TRUE,回声= FALSE,结果=“隐藏”,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,评论= " # >”)suppressPackageStartupMessages({库(GenomicRanges)库(ggplot2)图书馆(magrittr)图书馆(VplotR)}) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(# !requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“VplotR”) #库(VplotR) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(VplotR) bamfile < -系统。文件(“extdata”,”丈夫说。bam”,包= " Rsamtools”) < - importPEBamFiles碎片(bamfile shift_ATAC_fragments = TRUE)片段# # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (ce11_proms) ce11_proms数据(ATAC_ce11_Serizay2020) ATAC_ce11_Serizay2020 # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (ABF1_sacCer3) ABF1_sacCer3数据(MNase_sacCer3_Henikoff2011) MNase_sacCer3_Henikoff2011 # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - df < - getFragmentsDistribution (MNase_sacCer3_Henikoff2011 ABF1_sacCer3) p < - ggplot (df, aes (x = x, y = y)) + geom_line theme_ggplot2 () + () p # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - p < plotVmat p (x = MNase_sacCer3_Henikoff2011,农庄= ABF1_sacCer3) # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - list_params < -列表(“MNase \ n@ ABF1”= (MNase_sacCer3_Henikoff2011 ABF1_sacCer3)列表,列表“MNase \ n@随机位点”= (MNase_sacCer3_Henikoff2011, sampleGRanges (ABF1_sacCer3))) p < - plotVmat (list_params核心= 1)p # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - list_params < -列表(“生殖系ATACseq \ n@ Ubiq。舞会”=列表(ATAC_ce11_Serizay2020[[生殖系的]],ce11_proms [ce11_proms $。组织Ubiq = =”。']),“生殖系ATACseq \ n@生殖系舞会”=列表(ATAC_ce11_Serizay2020[[生殖系的]],ce11_proms [ce11_proms $。组织= = '生殖系']),“神经元ATACseq \ n@ Ubiq。舞会”=列表(ATAC_ce11_Serizay2020[[“神经元”]],ce11_proms [ce11_proms $。组织Ubiq = =”。']),“神经元ATACseq \ n@神经元舞会”=列表(ATAC_ce11_Serizay2020[[“神经元”]],ce11_proms [ce11_proms $。组织= =“神经元”]))p < - plotVmat (list_params,核= 1,nrow = 2, ncol = 5) p # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #没有正常化p < - plotVmat (list_params,核= 1,nrow = 2, ncol = 5, verbose = FALSE, normFun = '没有')p # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库深度+感兴趣的位点的数量(默认)p < - plotVmat (list_params,核= 1,nrow = 2, ncol = 5, verbose = FALSE, normFun = libdepth + nloci) p # # - - - - - eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # Zscore p < - plotVmat (list_params,核= 1,nrow = 2, ncol = 5, verbose = FALSE, normFun = Zscore) p #分位数p < - plotVmat (list_params,核= 1,nrow = 2, ncol = 5, verbose = FALSE, normFun =分位数,s = 0.99) p # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - p < plotFootprint (MNase_sacCer3_Henikoff2011 ABF1_sacCer3) p # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(MNase_sacCer3_Henikoff2011_subset) genes_sacCer3 < - GenomicFeatures::基因(TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3。sgdGene:: TxDb.Scerevisiae.UCSC.sacCer3。sgdGene) p < - plotProfile(片段= MNase_sacCer3_Henikoff2011_subset窗口=“chrXV: 186400 - 187400”,位点= ABF1_sacCer3 annots = genes_sacCer3 min = 20, max = 200,α= 0.1,大小= 1.5)p # #——回声= TRUE,崩溃= TRUE, eval = TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()