scRNA-Seq数据的耐噪声差异表达分析的表达等级建模
ROSeq -一种基于秩的方法来建模基因表达过滤和标准化的读计数矩阵。ROSeq以过滤后归一化的read matrix和cell-annotation/condition作为输入，确定对比组单细胞之间的差异表达基因。其中一个输入参数是要使用的核数。
开发者版本的R包可以通过以下R命令安装:
如果（!requireNamespace（“BiocManager”，静静地=真正的）)install.packages（“BiocManager”)#下面初始化Bioc devel的使用BiocManager：：安装（version =“重击”)BiocManager：：安装（“ROSeq”)github版本的R包可以通过以下R命令安装:
本插图使用已经内置在包中的Tung数据集来演示标准管道。
库需要在运行之前加载。
样品< -列表()样品＄数< -ROSeq：：L_Tung_single＄NA19098_NA19101_count样品＄组< -ROSeq：：L_Tung_single＄NA19098_NA19101_group样品＄数(1：5，1：5］# > NA19098.r1。A01 NA19098.r1。A02 NA19098.r1。A03 NA19098.r1.A04#> ensg00000237683 000 1 .执行以下命令#> ensg00000187634 0000#> ensg00000188976 3 6 1 3#> ensg00000187961 0000#> ensg00000187583 0000# > NA19098.r1.A05#> ensg00000237683 0#> ensg00000187634 0#> ensg00000188976#> ensg00000187961 0#> ensg00000187583 0下面的命令可以用于细胞/基因过滤，TMM归一化和轰击转换。在使用不同的过滤/归一化方法时，用户可以自由地使用另一种预处理策略。
输入:基因表达矩阵，行为基因，列为细胞。还需要提供单元格的条件/组注释。用户可以根据其计算机的硬件规格设置numCores。