4．1升级现有脚本

这是一个来自RCy3主回购的wiki页面，我们将不断更新有用的提示。我建议从这里开始:

• https://github.com/cytoscape/RCy3/wiki/Upgrading-Existing-Scripts

4.2新闻

要了解包在过渡到2.0版本中所做的一系列更改，请查看该版本的新闻:

• //www.anjoumacpherson.com/packages/3.7/bioc/news/RCy3/NEWS

5.1例如:displayGraph

之前

g <- new ('graphNEL'， edgemode='directed') g <- graph::addNode ('A'， g) g <- graph::addNode ('B'， g) g <- graph::addNode ('C'， g) g <- graph::addEdge ('A'， 'B'， g) g <- graph::addEdge ('B'， 'C'， g) cw <- CytoscapeWindow ('vignette'， graph=g, overwrite=TRUE) displayGraph (cw) layoutNetwork (cw, layout.name='grid')

后

g < -新(graphNEL, edgemode =“指示”)g < -图::addNode (A、g) g < -图::addNode (B、g) g < -图::addNode(“C”,g) g < -图::addEdge (A, B, g) g < -图::addEdge (' B ', ' C ', g)网络。suid <- createNetworkFromGraph (g， 'vignette')

• 注意:返回的是网络SUID，而不是R对象
• 注:显示和布局是自动完成的

5.2例如:cyPlot

之前

节点。df < - data.frame (id = c(“A”、“B”、“c”,“D”),stringsAsFactors = FALSE)优势。df < - data.frame(源= c(“”,“”,“”,“c”),目标= c(“B”、“c”、“D”,“D”),交互= c(“抑制”、“互动”、“激活”、“交互”),#可选stringsAsFactors = FALSE) g < - cyPlot(节点。df, edge.df) cw <- CytoscapeWindow("vignette2"， g) displayGraph(cw) layoutNetwork(cw， "force-directed")

后

节点。df < - data.frame (id = c(“A”、“B”、“c”,“D”),stringsAsFactors = FALSE)优势。df < - data.frame(源= c(“”,“”,“”,“c”),目标= c(“B”、“c”、“D”,“D”),交互= c(“抑制”、“互动”、“激活”、“交互”),#可选stringsAsFactors = FALSE)。suid <- createNetworkFromDataFrames (node. suid)df,优势。df,“vignette2”)

• 注意:相同的节点和边缘数据框架，除了键列是位置定义的(对于cyPlot)，它们需要使用“id”，“source”，“target”和“interaction”在语义上定义(对于createNetworkFromDataFrames)
• 注:显示和布局是自动完成的

5.3例如:加载nodeData

之前

g <- initNodeAttribute (graph=g, attribute.name='moleculeType'， attribute.name='分子类型'，属性。type='char'， default.value='undefined') g <- initNodeAttribute (graph=g， 'lfc'， 'numeric'， 0.0) nodeData (g， 'A'， 'moleculeType') <- '激酶' nodeData (g， 'B'， 'moleculeType') <- 'TF' nodeData (g， 'C'， 'moleculeType') <- '细胞因子' nodeData (g， 'D'， 'lfc') <- -1.2 nodeData (g， 'B'， 'lfc') <- 1.8 nodeData (g， 'C'， 'lfc') <- 3.2 nodeData (g， 'D'， 'lfc') <- 2.2 cw = setGraph (cw, g) displayGraph (cw)

后

节点。data <- data.frame(id=c('A'，'B'，' c '，'D')， moleculeType=c('激酶'，'TF'，'细胞因子'，'细胞因子')，lfc=c(-1.2, 1.8, 3.2, 2.2)， stringsAsFactors = FALSE)数据,“id”)

• 注意:简单地组成一个data.frame，然后加载它!不需要初始化或修改本地graphNEL对象
• 注意:stringsAsFactors = FALSE很重要，否则字符串值将无法加载
• 注:设置和显示不再需要

5.4例如:setDefaults

之前

setDefaultNodeShape (cw， 'OCTAGON') setDefaultNodeColor (cw， '#AAFF88') setDefaultNodeSize (cw, 80) setDefaultNodeFontSize (cw, 40)

后

setNodeShapeDefault ('OCTAGON') setNodeShapeDefault ('#AAFF88') setNodeShapeDefault (80) setNodeFontSizeDefault (40)

• 注:不再有cw!
• 注意:为了在包中保持一致性，微妙地重命名函数(对不起!)

5.5示例:基于规则的映射

之前

属性。值<- c('激酶'，'TF'， '细胞因子')节点。形状<- c ('DIAMOND'， 'TRIANGLE'， 'RECTANGLE') setNodeShapeRule (cw， 'moleculeType'，属性。setNodeColorRule (cw， 'lfc'， c (-3.0, 0.0, 3.0)， c ('#00AA00'， '#00FF00'， '#FFFFFF'， '#FF0000'， '#AA0000')， mode='interpolate')控件。点= c(-1.2, 2.0, 4.0)节点。setNodeSizeRule (cw， 'lfc'， control. size = c (30,40,60,80,90)点,节点。大小,模式=“插入”)

后

属性。值<- c('激酶'，'TF'， '细胞因子')节点。形状<- c ('DIAMOND'， 'TRIANGLE'， 'RECTANGLE') setNodeShapeMapping('moleculeType'，属性。setNodeColorMapping('lfc'， c(-3.0, 0.0, 3.0)， c('#00AA00'， '#00FF00'， '#FFFFFF'， '#FF0000'， '#AA0000'))控件。点= c(-1.2, 2.0, 4.0)节点。setNodeSizeMapping('lfc'，control. size = c (30,40,60,80,90)点,node.sizes)

• 注:不再有cw!
• 注意:规则现在是映射(就像它们在Cytoscape中被称为映射一样)
• 注意:“interpolate”(也就是“continuous”)是默认值，所以你可以省略它

5.6示例:选择节点

之前

selectNodes(cw， 'B') nodes <- getSelectedNodes (cw) selectFirstNeighborsOfSelectedNodes (cw)

后

selectNodes('B'， 'name') #或'id' nodes <- getSelectedNodes() selectFirstNeighbors()

• 注:不再有cw!
• 注意:默认情况下，selectNodes是按节点SUID设置的，因此现在必须指定是否使用节点名(或其他可选列)。这可以防止模棱两可的选择。
• 注意:selectNodes实际上在操作之后返回所选的节点和边，所以你可以这样做:

nodes <- selectNodes('B'， 'name')$nodes

5.7示例:保存和导出

之前

saveNetwork(cw， "sample_session"， format = "cys")

后

export timage ("sample_image"， "png"， h= 800)

• 注:不再有cw!
• 注意:细微的重命名以匹配实际操作和输出