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此包中使用的修饰的字母是基于Bujnicki实验室对RNA修饰的编译(Boccaletto et al. 2018)．字母表经过修改，去掉了一些不兼容的字符。

如果缺少修改，请告诉我们。


表1: ModRNAString对象支持的RNA修饰列表。
修改 短名称 命名法 源自。基地 缩写
1、2的-O-dimethyladenosine m1Am 1一个 一个 œ
1、2的-O-dimethylguanosine m1Gm 01 g G ε
1、2的-O-dimethylinosine m1Im 019年,一个 一个 ξ
(1-methyl-3) - 3-amino-3-carboxypropyl假尿苷 m1acp3Y 1309 u U α
1-methyladenosine m1A 1 一个 ＂
1-methylguanosine m1G 1克 G K
1-methylinosine m1I 19个 一个 O
1-methylpseudouridine m1Y 19你 U ］
2, 8-dimethyladenosine 8平方米, 28 一个 ±
2-geranylthiouridine ges2U 21岁的你 U Γ
2-lysidine k2C 21 c C ｝
2-methyladenosine m2A 2 一个 /
2-methylthiomethylenethio-N6-isopentenyl-adenosine msms2i6A 2361年,一个 一个 £
2-methylthio-cyclic-N6-threonylcarbamoyladenosine ms2ct6A 2164年,一个 一个 y
(2-methylthio-N6) - cis-hydroxyisopentenyl腺苷 ms2io6A 2160年,一个 一个 ≠
2-methylthio-N6-hydroxynorvalylcarbamoyladenosine ms2hn6A 2163年,一个 一个 ≈
2-methylthio-N6-isopentenyladenosine ms2i6A 2161年,一个 一个 ＊
2-methylthio-N6-methyladenosine ms2m6A 621年,一个 一个 ∞
2-methylthio-N6-threonylcarbamoyladenosine ms2t6A 2162年,一个 一个 ［
2-selenouridine se2U 20你 U ω
2-thio-2”-O-methyluridine s2Um 02 u U ∏
2-thiocytidine s2C 2摄氏度 C ％
2-thiouridine s2U 2 u U 2
2》-O-methyladenosine 我 0一个 一个 ：
2》-O-methylcytidine 厘米 0 c C B
2》-O-methylguanosine 通用汽车 0 g G ＃
2》-O-methylinosine 即时通讯 09年的 一个 ≤
2》-O-methylpseudouridine Ym 09年你 U Z
2》-O-methyluridine 嗯 0你 U J
2 ' -o -甲基尿苷5-氧乙酸甲酯 mcmo5Um 0503 u U 一个
2“-O-ribosyladenosine(磷酸) Ar (p) 00一 一个 ＾
2“-O-ribosylguanosine(磷酸) Gr (p) 00克 G ℑ
3、2 -O-dimethyluridine m3Um 03 u U σ
(3) - 3-amino-3-carboxypropyl 5, 6-dihydrouridine acp3D 308 u U Ð
(3) - 3-amino-3-carboxypropyl假尿苷 acp3Y 309 u U Þ
(3) - 3-amino-3-carboxypropyl尿苷 acp3U 30你 U X
3-methylcytidine m3C 3 c C ”
3-methylpseudouridine m3Y 39你 U κ
3-methyluridine m3U 3 u U δ
4-demethylwyosine imG-14 4 g G __
4-thiouridine s4U 74 u U 4
5、2 -O-dimethylcytidine m5Cm 05年c C τ
5、2 -O-dimethyluridine m5Um 05年u U ¤
5-(羧羟甲基)-2 ' - o -甲基尿苷甲酯 mchm5Um 0522 u U b
5-(羧羟甲基)尿苷甲酯 mchm5U 522 u U ，
(5) - isopentenylaminomethyl 2-thiouridine inm5s2U 2583 u U ½
(5) - isopentenylaminomethyl -O-methyluridine 2” inm5Um 0583 u U ¼
5 -尿苷(isopentenylaminomethyl) inm5U 583 u U ¾
5-aminomethyl-2-geranylthiouridine nm5ges2U 21510 u U Δ
5-aminomethyl-2-selenouridine nm5se2U 20510 u U π
5-aminomethyl-2-thiouridine nm5s2U 2510 u U ∫
5-aminomethyluridine nm5U 510 u U ∪
5-carbamoylhydroxymethyluridine nchm5U 531 u U r
5-carbamoylmethyl-2-thiouridine ncm5s2U 253 u U l
5-carbamoylmethyl-2”-O-methyluridine ncm5Um 053 u U ～
5-carbamoylmethyluridine ncm5U 53你 U ＆
5-carboxyhydroxymethyluridine chm5U 520 u U ≥
5-carboxymethyl-2-thiouridine cm5s2U 2540 u U ℘
5-carboxymethylaminomethyl-2-geranylthiouridine cmnm5ges2U 2151 u U f
5-carboxymethylaminomethyl-2-selenouridine cmnm5se2U 2051 u U ⊥
5-carboxymethylaminomethyl-2-thiouridine cmnm5s2U 251 u U ＄
5-carboxymethylaminomethyl-2”-O-methyluridine cmnm5Um 051 u U ）
5-carboxymethylaminomethyluridine cmnm5U 51你 U ！
5-carboxymethyluridine cm5U 52你 U ◊
5-cyanomethyluridine cnm5U 55你 U Ѷ
5-formyl-2”-O-methylcytidine f5Cm 071 c C °
5-formylcytidine f5C 71 c C ×
5-hydroxycytidine ho5C 50度 C C
5-hydroxymethylcytidine hm5C 51 c C ∅
5-hydroxyuridine ho5U 50你 U ∝
5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridine mcm5s2U 2521 u U 3.
5-methoxycarbonylmethyl-2”-O-methyluridine mcm5Um 0521 u U ∩
5-methoxycarbonylmethyluridine mcm5U 521 u U 1
5-methoxyuridine mo5U 501 u U 5
5-methyl-2-thiouridine m5s2U 25 u U F
5-methylaminomethyl-2-geranylthiouridine mnm5ges2U 21511 u U h
5-methylaminomethyl-2-selenouridine mnm5se2U 20511 u U ≅
5-methylaminomethyl-2-thiouridine mnm5s2U 2511 u U 年代
5-methylaminomethyluridine mnm5U 511 u U ｛
5-methylcytidine m5C 5度 C ?
5-methyldihydrouridine m5D 58 u U ρ
5-methyluridine m5U 5 u U T
5-taurinomethyl-2-thiouridine tm5s2U 254 u U ∃
5-taurinomethyluridine tm5U 54岁的你 U E
7-aminocarboxypropyl-demethylwyosine yw - 86 47 g G ¥
7-aminocarboxypropylwyosine yw - 72 347克 G Ω
7-氨基羧基丙基葡萄糖甲酯 yW-58 348克 G ⇑
7-aminomethyl-7-deazaguanosine preQ1tRNA 101克 G ∉
7-cyano-7-deazaguanosine preQ0tRNA 100克 G φ
7-methylguanosine m7G 7 g G 7
8-methyladenosine m8A 8 一个 一个
-O-dimethylguanosine N2 2” m2Gm 02 g G γ
-O-trimethylguanosine N2 7 2” 7平方米,通用 027克 G æ
N2, 7-dimethylguanosine 平方米,7 g 27 g G ∨
-O-trimethylguanosine氮气N2 2” 2平方米,通用 022克 G |
氮气,氮气,7-trimethylguanosine 平方米,2、7 g 227克 G ∠
N2, N2-dimethylguanosine 平方米,2 g 22克 G R
N2-methylguanosine 又 2 g G l
-O-dimethylcytidine陶瓷2” m4Cm 04 c C λ
陶瓷,陶瓷2 -O-trimethylcytidine m4, 4厘米 044 c C β
陶瓷,N4-dimethylcytidine m4, 4 c 44 c C μ
N4-acetyl-2”-O-methylcytidine ac4Cm 042 c C ℵ
N4-acetylcytidine ac4C 42 c C 米
N4-methylcytidine m4C 4摄氏度 C ν
-O-dimethyladenosine N6 2” m6Am 06年一 一个 χ
-O-trimethyladenosine N6 N6 2” m6, 6点 066年,一个 一个 η
N6, N6-dimethyladenosine m6, 6 66年,一个 一个 ζ
(N6) - cis-hydroxyisopentenyl腺苷 io6A 60 一个 ｀
N6-acetyladenosine ac6A 64年,一个 一个 ⇓
N6-formyladenosine f6A 67年,一个 一个 Ϩ
N6-glycinylcarbamoyladenosine g6A 65年,一个 一个 ≡
N6-hydroxymethyladenosine hm6A 68年,一个 一个 Ϫ
N6-hydroxynorvalylcarbamoyladenosine hn6A 63年,一个 一个 √
N6-isopentenyladenosine i6A 61年,一个 一个 Θ
N6-methyl-N6-threonylcarbamoyladenosine m6t6A 662年,一个 一个 E
N6-methyladenosine m6A 6 一个 ＝
N6-threonylcarbamoyladenosine t6A 62年,一个 一个 6
agmatidine C + 20摄氏度 C ¿
archaeosine G + 103克 G （
循环N6-threonylcarbamoyladenosine ct6A 69年,一个 一个 e
dihydrouridine D 8 u U D
epoxyqueuosine oQtRNA 102克 G ς
galactosyl-queuosine galQtRNA 104克 G 9
glutamyl-queuosine gluQtRNA 105克 G ⊄
hydroxy-N6-threonylcarbamoyladenosine ht6A 2165年,一个 一个 «
hydroxywybutosine OHyW 34830克 G ⊆
肌苷 我 9 一个 我
isowyosine imG2 42克 G ⊇
mannosyl-queuosine manQtRNA 106克 G 8
甲基化未修饰的羟丁酸 OHyWy 3480克 G y
methylwyosine mimG 342克 G ∑
peroxywybutosine o2yW 34832克 G W
假尿苷 Y 9你 U P
queuosine QtRNA 10克 G 问
溶解不良hydroxywybutosine OHyWx 3470克 G š
未知甲基化碱 Xm 0 x N 我
未知的修改 xX X N ÷
未知修饰的腺苷 xA ? 一个 H
未知改性胞苷 xC C ? C <
未知改性鸟苷 xG G ? G ；
未知的改良尿苷 徐 U ? U U
尿苷5-氧乙酸 cmo5U 502 u U V
尿苷5-氧乙酸甲酯 mcmo5U 503 u U υ
wybutosine yW 3483克 G Y
wyosine imG 34 g G € 
sessionInfo ()
## R版本4.2.1(2022-06-23)##平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)##运行在Ubuntu 20.04.5 LTS ## ##矩阵产品:默认## BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRblas。/home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/R/lib/libRlapack。所以## ## locale: ## [1] LC_CTYPE=en_US。UTF-8 LC_NUMERIC=C ## [3] LC_TIME=en_GB LC_COLLATE=C ## [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 ## [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C ## [9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C ## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C ## ## attached base packages: ## [1] stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods ## [8] base ## ## other attached packages: ## [1] Modstrings_1.14.0 Biostrings_2.66.0 GenomeInfoDb_1.34.0 ## [4] XVector_0.38.0 IRanges_2.32.0 S4Vectors_0.36.0 ## [7] BiocGenerics_0.44.0 BiocStyle_2.26.0 ## ## loaded via a namespace (and not attached): ## [1] knitr_1.40 magrittr_2.0.3 GenomicRanges_1.50.0 ## [4] zlibbioc_1.44.0 R6_2.5.1 rlang_1.0.6 ## [7] fastmap_1.1.0 highr_0.9 stringr_1.4.1 ## [10] tools_4.2.1 xfun_0.34 cli_3.4.1 ## [13] jquerylib_0.1.4 htmltools_0.5.3 yaml_2.3.6 ## [16] digest_0.6.30 crayon_1.5.2 bookdown_0.29 ## [19] GenomeInfoDbData_1.2.9 BiocManager_1.30.19 bitops_1.0-7 ## [22] sass_0.4.2 RCurl_1.98-1.9 cachem_1.0.6 ## [25] evaluate_0.17 rmarkdown_2.17 stringi_1.7.8 ## [28] compiler_4.2.1 bslib_0.4.0 jsonlite_1.8.3

参考文献

Boccaletto, Pietro, Magdalena A. Machnicka, Elzbieta Purta, Pawel Piatkowski, Blazej Baginski, Tomasz K. Wirecki, Valérie de Crécy-Lagard，等。2018。MODOMICS: Rna修饰途径数据库，2017年更新。核酸研究46 (d1): d303-d307。https://doi.org/10.1093/nar/gkx1030．