命令行

Maaslin2美元。R——transform=AST——fixed_effects="diagnosis,dysbiosisnonIBD,dysbiosisUC,dysbiosisCD，抗生素，年龄"——random_effects="site,subject"——normalization=NONE——standardization =FALSE inst/extdata/HMP2_taxonomy. R——transform=AST——fixed_effects="diagnosis,dysbiosisnonIBD,dysbiosisUC,dysbiosisCD，抗生素，年龄"tsv本月/ extdata / HMP2_metadata。tsv demo_output

• 确保提供MaAsLin2可执行文件的完整路径(即/R/ MaAsLin2 .R)。
• 在demo命令中:
  • HMP2_taxonomy.tsv是数据(或特性)文件的路径吗
  • HMP2_metadata.tsv是元数据文件的路径吗
  • demo_output是写入输出的文件夹的路径吗

在R

library(Maaslin2) input_data <- system. input_data。文件(“extdata”、“HMP2_taxonomy。tsv'， package="Maaslin2") input_metadata <-system. tsv'文件(“extdata”、“HMP2_metadata。tsv'， package=" NONE ") fit_data <- Maaslin2(input_data, input_metadata， 'demo_output'， transform =" AST"， fixed_effects = c('diagnosis'， 'dysbiosisnonIBD'，'dysbiosisUC'，'dysbiosisCD'， '抗生素'，'年龄')，random_effects = c('site'， 'subject')， reference =" diagnosis,nonIBD"， normalization = 'NONE'， standardization = FALSE)

# 22-04-26 17:00:41 INFO::写入函数参数到日志文件## 22-04-26 17:00:41 INFO::验证所选选项是否有效## 22-04-26 17:00:41 INFO::确定输入文件的格式## 22-04-26 17:00:41 INFO::输入格式是数据样本作为行，元数据样本作为行## 22-04-26 17:00:41 INFO::随机效果的公式:expr ~ (1 | site) + (1 | subject) ## 22-04-26 17:00:41 INFO::固定效应公式:expr ~诊断+ dysbiosisnonIBD + dysbiosisUC + dysbiosisCD +抗生素+年龄## 22-04-26 17:00:41 INFO::根据最小丰度和最小流行率筛选数据## 22-04-26 17:00:41 INFO::数据中的总样本:1595 ## 22-04-26 17:00:41 INFO::需要的最小样本和最小丰度对于一个不被过滤的特征:159.500000 ## 22-04-26 17:00:41 INFO::总过滤特征:0 ## 22-04-26 17:00:41 INFO::来自丰度和流行过滤的过滤特征名:## 22-04-26 17:00:41 INFO::来自方差过滤的过滤特征名:0 ## 22-04-26 17:00:41 INFO::运行选定的归一化方法:NONE ## 22-04-26 17:00:41 INFO::绕过z-score应用程序到元数据## 22-04-26 17:00:41 INFO::运行选定的转换方法:运行选定的分析方法:拟合模型到特征号1,bifidobacterium . teenens

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号2，双歧杆菌。信息:拟合模型到特征号3，双歧杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号4，双歧杆菌。假atenulatum

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的功能号5,Collinsella。拟合模型的特征号6，拟杆菌科

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号7，拟杆菌。信息:拟合模型的特征号8，拟杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号9，拟杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

##警告:模型未能收敛于1个负特征值:-5.6e+00

信息:拟合模型的特征号10，拟杆菌。拟合模型的特征号11，拟杆菌。finegoldii

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号12，拟杆菌。脆弱

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号13，拟杆菌类

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号14，拟杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号15，拟杆菌。信息:拟合模型的特征号16，拟杆菌科

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号17，拟杆菌。信息:拟合模型的特征号18，拟杆菌。thetaiotaomicron

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型特征号19,Bacteroides.uniformis

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号20，拟杆菌类

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的功能编号21，拟杆菌。木聚糖isolvens

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号22，拟杆菌。INFO::拟合模型到功能号23,barnesiella . testinihominis ## 22-04-26 17:00:46 INFO::拟合模型到功能号24,Coprobacter。信息:拟合模型的特征号25，臭杆菌。内脏

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号26，副杆菌类

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号27，副杆菌类。信息::拟合模型的特征号28，副杆菌类。信息::拟合模型的特征号29,parabacteroides .未分类

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的功能号30,Paraprevotella。信息::适合模型的功能号31,Paraprevotella。信息:拟合模型的特征号32，普雷沃氏菌.copri

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的功能号33,Alistipes.finegoldii

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的功能号34,Alistipes.onderdonkii

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的功能号35,Alistipes.putredinis

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的功能编号36,Alistipes.shahii

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的功能号37,Alistipes。信息:拟合模型的特征号38，链球菌。信息::拟合模型的特征号39，梭状芽胞杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的特征编号40，梭状芽孢杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征编号41，梭状芽胞杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的功能号码42，梭状芽孢杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的功能编号43，梭状芽孢杆菌。信息:拟合模型的特征号44，梭状芽孢杆菌。信息:拟合模型的特征号45，梭状芽孢杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号46，黄酮ifractor.plautii

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征编号47，真菌性细菌。信息:拟合模型的特征编号48，真菌性细菌。信息:拟合模型的特征号49，真菌性细菌。信息::拟合模型的特征号50，真菌性细菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征编号为51,Eubacterium.sp.3.1.31

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征编号52，真细菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号码53，瘤胃球菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号54，瘤胃球菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号55，瘤胃球菌。信息::适合模型的特征号56,Coprococcus.comes ## 22-04-26 17:00:51信息::适合模型的特征号57,Dorea。信息::拟合模型的特征号58,lachnospiraceae . bacteria .1.1.57 faa

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号59,lachnospiraceae . bacteria .3.1.46 faa

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合的模型特征号60,roseburia .人族

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

## 22-04-26 17:00:51 INFO::拟合模型到功能号61,Roseburia.inulinivorans

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的功能号63，罗斯伯里亚。未分类

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的功能号64,Oscillibacter。信息:拟合模型的特征号65,peptostreptococcaceae . nonname .unclassified

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号66,Faecalibacterium。信息::拟合模型的特征号67，瘤胃球菌.bromii

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号68，瘤胃球菌。信息::拟合模型的特征号69，瘤胃球菌。信息:拟合模型的特征号70，亚doligranulum。信息:拟合模型的特征号71,Coprobacillus。信息:拟合模型的特征号码72，酸氨基球菌。未分类

##在checkConv(attr(opt， " derived ")， opt$par, ctrl = control$checkConv，: ## Model failed to convergence with max|grad| = 0.00291214 (tol = 0.002, component 1)

信息::适合模型的功能号码73,Dialister.invisus

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

##警告:模型未能收敛于1个负特征值:-2.1e+02

信息::拟合模型的特征号74，细孔菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的特征号75,Veillonella.dispar

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号76，绒毛

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的功能号码77,Veillonella。信息::拟合模型到特征号78,burkholderials . bacteria .1.1.47

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::适合模型的功能号80,Sutterella。信息:拟合模型的特征号81,Bilophila。信息:拟合模型的特征号82，大肠杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的特征号83，埃希氏菌。信息:拟合模型的特征号84，克雷伯菌肺炎

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息:拟合模型的特征号85，副流感嗜血杆菌

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

信息::拟合模型的功能号86,Akkermansia.muciniphila

## boundary (singular) fit:参见help('isSingular')

##警告:模型未能收敛于1负特征值:-2.2e+02

信息::拟合模型的特征号87,c2likevirv。## 22-04-26 17:00:55 INFO::写入残差到文件demo_output/residuals。rds ## 22-04-26 17:00:55 INFO::写入适合的值到文件demo_output/ fits。将提取的随机效果写入demo_output/ranef文件。rds ## 22-04-26 17:00:55 INFO::写入所有结果到文件(按增加q-values的顺序):demo_output/all_results。将重要结果(小于或等于阈值0.250000的结果)写入文件(通过增加q-values的顺序):demo_output/significant。tsv ## 2015-04-26 17:00:55 INFO::写入重要结果的热图到文件:demo_output/heatmap.pdf

##警告在xtfrm.data.frame(x):不能xtfrm数据帧

## 22-04-26 17:00:56 INFO::绘制从最重要到最不重要的关联，按元数据分组## 22-04-26 17:00:56 INFO::绘制元数据编号1的数据，dysbiosisCD ## 22-04-26 17:00:56 INFO::为分类数据，dysbiosisCD vs Faecalibacterium.prausnitzii的箱图

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Bacteroides.uniformis

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Eubacterium.rectale

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs alistips .putredinis

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs subdoligranum .unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs .大肠杆菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Bacteroides.vulgatus

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs . clostridium . clostridioformme

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs克雷伯菌肺炎

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs . Clostridium.hathewayi

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs alistips .shahii

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Ruminococcus.obeum

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Roseburia.inulinivorans

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Bacteroides.thetaiotaomicron

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs copprococcus .comes

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Veillonella.unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs lachnospiraceae . bacteria .3.1.46 faa

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Sutterella.wadsworthensis

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs臭气菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs parabacteroides . disasonis

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Roseburia.hominis

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs burkholderials . bacteria .1.1.47

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Escherichia.unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Bilophila.unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Dorea.longicatena

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs aliistips .unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs . Clostridium.symbiosum

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs . Eubacterium.hallii

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs parasutella . secrementhominis

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs拟杆菌类

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs alistips .finegoldii

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Eubacterium.ventriosum

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs . Clostridium.nexile

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs . Clostridium.leptum

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Veillonella.parvula

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs拟杆菌类。卵形

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs oscillibacteria .unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Bacteroides.finegoldii

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Ruminococcus.bromii

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Coprobacillus.unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Parabacteroides.merdae

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Bacteroides.eggerthii

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Veillonella.dispar

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Collinsella.aerofaciens

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs拟杆菌类

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Ruminococcus.gnavus

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Paraprevotella.clara

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs拟杆菌类

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs . Ruminococcus.lactaris

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Paraprevotella.unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Ruminococcus.torques

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs c2likevvirus .unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs .faecis

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs双歧杆菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs Eubacterium.siraeum

创建分类数据箱图，dysbiosisCD vs Dialister.invisus

创建分类数据箱线图，dysbiosisCD vs parabacteroid .unclassified

为分类数据创建箱线图，dysbiosisUC vs subdoligranum .unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs .普氏杆菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs . Bacteroides.fragilis

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs拟杆菌类

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs Faecalibacterium.prausnitzii

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs oscillibacteria .unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs Bacteroides.uniformis

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs . Eubacterium.hallii

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs拟杆菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs克雷伯菌肺炎

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs . Coprobacillus.unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs拟杆菌类

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs Eubacterium.rectale

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs . Ruminococcus.gnavus

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs拟杆菌类。卵形

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs lachnospiraceae . bacteria .3.1.46 faa

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs Eubacterium.siraeum

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs alistips .putredinis

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs Ruminococcus.obeum

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs .埃希氏大肠杆菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs . Bacteroides.eggerthii

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs . Clostridium.leptum

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs barnesiella . testinihominis

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs Alistipes.shahii

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs Collinsella.aerofaciens

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs . Clostridium.nexile

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs拟杆菌类

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs Parabacteroides.goldsteinii

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs Eubacterium.ventriosum

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs copprococcus .comes

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs双歧杆菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisUC vs . Veillonella.atypica

为分类数据，dysbiosisnonIBD vs Faecalibacterium.prausnitzii创建箱线图

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Eubacterium.rectale

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs .普氏杆菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Eubacterium.sp.3.1.31

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Roseburia.hominis

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs臭气杆菌.内脏

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Bilophila.unclassified

创建分类数据箱线图，ibd与大肠埃希菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs subdoligranum .unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs . Clostridium.leptum

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs . Bacteroides.fragilis

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs克雷伯氏菌肺炎

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Ruminococcus.torques

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs . clostridium . clostridioformme

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs alistips .putredinis

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Coprobacillus.unclassified

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Eubacterium.eligens

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Veillonella.dispar

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Bacteroides.eggerthii

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs lachnospiraceae .3.1.46 faa

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Ruminococcus.obeum

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Ruminococcus.bromii

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs parasutella .排泄物门菌

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs alistips .shahii

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs barnesiella . testinihominis

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs burkholderians . bacteria .1.1.47

创建分类数据箱线图，dysbiosisnonIBD vs Paraprevotella.unclassified

为分类数据创建箱线图，抗生素vs .大肠杆菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs .inulinivorans

创建分类数据箱线图，抗生素vs .月桂花

创建分类数据箱线图，抗生素vs . bacteroidales . bacteria .ph8

创建分类数据箱线图，抗生素vs人玫瑰buria

创建分类数据箱图，抗生素vs Dialister.invisus

创建分类数据箱线图，抗生素vs .克雷伯氏菌肺炎

创建分类数据箱线图，抗生素vs真菌性细菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs . Sutterella.wadsworthensis

创建分类数据箱线图，抗生素vs .thetaiotaomicron

创建分类数据箱线图，抗生素vs .溃疡性瘤胃球菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs .finegoldii

创建分类数据箱线图，抗生素vs .onderdonkii

创建分类数据箱线图，抗生素vs . Dorea.longicatena

创建分类数据箱线图，抗生素vs .假atenulatum双歧杆菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs .双歧杆菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs .bolteae

创建分类数据箱线图，抗生素vs .hathewayi

创建分类数据箱线图，抗生素vs . Faecalibacterium.prausnitzii

创建分类数据箱线图，抗生素vs .溴氏瘤胃球菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs真菌性细菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs .瘤胃球菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs脆弱拟杆菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs .未分类大肠杆菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs .非分类菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs . Eubacterium.sp.3.1.31

创建分类数据箱线图，抗生素vs腐霉杆菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs细小细孔菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs拟杆菌类

创建分类数据箱线图，抗生素vs副杆菌类

创建分类数据箱线图，抗生素vs副杆菌类

创建分类数据箱线图，抗生素vs .粪门菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs .双歧杆菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs . lachnospiraceae . bacteria .1.1.57 faa

创建分类数据箱线图，抗生素vs Akkermansia.muciniphila

创建分类数据箱线图，抗生素vs .共生梭菌

创建分类数据箱线图，抗生素vs . Paraprevotella.clara

创建分类数据箱线图，抗生素vs .粪便拟杆菌

为连续数据创建散点图，年龄vs . Clostridium.clostridioforme

使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

创建散点图连续数据，年龄vs副流感嗜血杆菌

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##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs双歧杆菌

使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs subdoligranum .unclassified

使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs拟杆菌类

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##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs Faecalibacterium.prausnitzii

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##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

创建散点图的连续数据，年龄vs .共生梭菌

使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

创建散点图的连续数据，年龄vs .bromii

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##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs Akkermansia.muciniphila

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为连续数据创建散点图，年龄vs Veillonella.dispar

使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs Collinsella.aerofaciens

使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs . roseburgia . testinalis

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##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs拟杆菌类。thetaiotaomicron

使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs Dialister.invisus

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##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs酸胺球菌。未分类

使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

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为连续数据创建散点图，年龄vs Veillonella.unclassified

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##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

创建散点图的连续数据，年龄vs双歧杆菌

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##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs aliistipes .unclassified

使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为连续数据创建散点图，年龄vs bacteroidales . bacteria .ph8

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##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

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使用公式'y ~ x'创建geom_smooth()

##警告:删除19行包含丢失的值(geom_point)。

为分类数据创建箱线图，诊断与clostridium . clostridioformme

创建分类数据箱线图，诊断与梭状芽胞杆菌

创建分类数据箱线图，诊断与Alistipes.putredinis

创建分类数据箱线图，诊断vs oscillibacteria .unclassified

创建分类数据箱线图，诊断vs aliistipes .shahii

创建分类数据箱线图，诊断vs Collinsella.aerofaciens

创建分类数据箱线图，诊断vs Akkermansia.muciniphila

创建分类数据箱线图，诊断vs .未分类coprobacillus

创建分类数据箱线图，诊断vs副杆菌类

创建分类数据箱线图，诊断vs .bromii瘤胃球菌

创建分类数据箱线图，诊断与瘤胃球菌。骨痂

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