### R代码来自小插图来源的HTSeqGenie。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:fastq ################################################### 库(HTSeqGenie)图书馆(“LungCancerLines ") ################################################### ### 代码块2号:tp53Genome ################################################### tp53Genome < - tp53Genome tp53GenomicFeatures < - tp53GenomicFeatures () () ################################################### ### 代码块3号:cpars ################################################### rtp53 < -列表(# #对准器path.gsnap_genomes =路径(目录(tp53Genome)), alignReads.genome =基因组(tp53Genome), # #基因模型path.genomic_features =目录名(tp53GenomicFeatures) countGenomicFeatures.gfeatures = basename (tp53GenomicFeatures ) ) ################################################### ### 代码块数量4:runPipeline ################################################### H1993dir < -。call(runPipeline, c(## RNASeq t53genome parameters rtp53， ## input input_file=LungCancerFastqFiles()[["H1993. # RNASeq t53genome parameters rtp53， ## input input_file=LungCancerFastqFiles()]]第一个“]],input_file2 = LungCancerFastqFiles H1993()[[”。last"]]， paired_ends=TRUE, quality_encoding="illumina1.8"， ## output save_dir="H1993"， prepend_str="H1993"， alignReads。sam_id="H1993"， overwrite_save_dir="erase")) H2073dir <- do。call(runPipeline, c(## RNASeq t53genome parameters rtp53， ## input input_file=LungCancerFastqFiles()[["H2073. RNASeq t53genome parameters rtp53， ## input input_file=LungCancerFastqFiles()]]第一个“]],input_file2 = LungCancerFastqFiles H2073()[[”。last"]]， paired_ends=TRUE, quality_encoding="illumina1.8"， ## output save_dir="H2073"， prepend_str="H2073"， alignReads。sam_id =“H2073 overwrite_save_dir = "擦掉 " )) ################################################### ### 代码块5号:genecounts ################################################### 库(org.Hs.eg.db) gc1 < - getTabDataFromFile (H1993dir, counts_gene) gc2 < - getTabDataFromFile (H2073dir, counts_gene) entrez < - as.character (gc1名称)美元hgnc < - unlist (as.list (org.Hs.egSYMBOL)[可以])hgnc < - hgnc[可以]data.frame (entrez = entrez, hgnc = hgnc H1993。数= gc1数美元,H2073。数= gc2数美元,row.names =零 ) ################################################### ### 代码块6号:sessionInfo ################################################### toLatex (sessionInfo ())