- 最可能问的问题 - 运行Heatmap()函数后没有plot出来。 - 检索订单和树状图。< / toc >- How should I control the height or width of the heatmap annotations? - How should I control the axes of the annotations? - How to control the style of legends? - Some text are cut by the plotting region. - Can the heatmaps be added vertically? - Does Heatmap title supports mathematical expression? - I have many heatmaps and I want to put them into different panels for a big figure for my paper. - I have a matrix with too many rows and I want to simplify the row dendrogram. - I have a matrix with huge nunmber of rows or columns, what is the efficient way to visualize it? - How to add axes for dendrograms? - I set row_km/column_km and it gives me different k-means clusterings for different runs. - I only want to draw dendrograms plus a list of annotations. - I still have a problem with the package and I am lost in the ocean of the huge vignette. - Can I also add heatmaps produced by pheatmap()? - Can I make an interactive heatmap?

最可能被问到的问题

运行Heatmap()函数后，不会出现任何图形。

在这种情况下，您需要使用画()显式函数。看到https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-single-heatmap.html#plot-the-heatmap而且https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-list-of-heatmaps.html#plot-the-heamtap-list．

检索订单和树状图。

用于从单个热图中检索订单和树状图。看到https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-single-heatmap.html#get-orders-and-dendrograms-from-heatmap．

用于从热图列表中检索顺序和树状图。看到https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-list-of-heatmaps.html#get-orders-and-dendrograms-from-a-list-of-heatmaps．

我应该如何控制热图注释的高度或宽度?

生成的复杂注释anno_ * ()函数，宽度或高度应设置在anno_ * ()函数，例如anno_points(…，身高=…)．简单注释的大小由anno_simple_size．的宽度/高度而且annotation_width/annotation_height是用来调整大小的多个注释是放在一个HeatmapAnnotation对象。看到https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/heatmap-annotations.html#multiple-annotations

我应该如何控制注释的轴?

在注释函数中anno_ * ()，论证axis_param可用于设置轴。该值应该是一个列表，axis的默认设置可以通过以下方式获取:

default_axis_param(“列”)default_axis_param(“行”)

如何控制传说的风格?

图例的样式可以通过heatmap_legend_param在热图(),或annotation_legend_param在HeatmapAnnotation ()．控制图例的参数就是这些参数传奇()函数。看到https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/legends.html#heatmap-and-annotation-legends．

一些文本被绘图区域切割。

的布局ComplexHeatmap不完美的是，仍有可能将部分文字绘制出绘图区域。在这种情况下，您可以设置填充论点画()函数增加最终图周围的空白区域。看到https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-list-of-heatmaps.html#manually-increase-space-around-the-plot．

热图可以垂直添加吗?

是的,使用% v %而不是+．看到https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/a-list-of-heatmaps.html#vertical-concatenation．

热图标题是否支持数学表达式?

是的，所有与文本相关的元素(例如标题，行名，图例标题，图例标签，…)都允许数学表达式。

我有很多热图，我想把它们放在不同的面板上，为我的论文提供一个大的数字。

你可以设置newpage = FALSE在画()功能及用途grid.layout ()来管理面板的布局。

pushViewport(layout = grid.layout(…)))Row =…， layout.pos.col =…))绘制(ht, newpage = FALSE) #或绘制(ht_list, newpage = FALSE) popViewport()…

但我更建议使用grid.grabExpr ()可以直接捕获热图的输出，然后将整个plot作为单个图形元素绘制grid.draw ()．

Ht_grob = grid。grabExpr(draw(ht，…))pushViewport(viewport(layout = grid.layout(…)))pushViewport(viewport(layout.pos.…)Row =…， layout.pos.col =…))grid.draw(ht_grob) popViewport()…

我有一个行太多的矩阵，我想化简行树状图。

您可以首先将行分组为几个组，并在其上制作组级树状图。请看下面的例子:

m = matrix(rnorm(1000*10)， nr = 1000) hc = hclust(dist(m)) group = cutree(hc, k = 6) Heatmap(m, cluster_rows = cluster_within_group(t(m)， group)， row_split = 6, border = TRUE) #如果还设置了row_split会更好

我有一个有很多行或列的矩阵，有什么有效的方法来可视化它?

热图用于可视化矩阵的全局模式，而不是每一行或列。我建议将样本行或列随机分成一个合理的小数目，最终的热图应该看起来和你仍然坚持使用完整的矩阵一样。

如何为树状图添加轴?

你需要使用decorate_row_dend ()或decorate_column_dend ()手动添加坐标轴。请看以下例子:

m = matrix(rnorm(100)， 10) ht = Heatmap(m, name = "foo"， row_dend_width = unit(4， "cm")， column_dend_height = unit(4， "cm")) draw(ht, padding = unit(c(15,2,2,2)， "mm") decorate_column_dend("foo"， {grid.yaxis()}) decorate_row_dend("foo"， {vp = current.viewport() xscale = vp$xscale网格。Xaxis (at = xscale[2] - 0:5, label = 0:5)})

注意对于左行树状图，x轴是从右向左的，需要自定义在而且标签在grid.xaxis ()函数。

你也可以检查annotation_axis_grob ()功能(后续使用)grid.draw ()为了画出一个更好的轴)。

我设置了row_km/column_km，它为不同的运行提供了不同的k-means聚类。

是的，这是意料之中的，因为k-means使用随机起点，对于不同的运行可能会给出不同的结果。要解决这个问题，您可以采用以下两种方法:

1. 总是添加set.seed(…)在制作热图之前。这确保了随机种子对于不同的运行总是相同的。
2. 集row_km_repeats/column_km_repeats多次运行k-means以获得最终一致的k-means聚类。注意，你可能仍然会得到不同的结果，但比只运行一次k-means的机会要小得多。

我只想画树形图和注释列表。

你需要将树状图分配给一个零行/零列矩阵:

Heatmap(matrix(nc = 0, nr = 10)， cluster_rows = hc, right_annotation = rowAnnotation(foo = anno_points(1:10)， sth = 1:10, bar = anno_barplot(1:10))， row_split = 2)

我仍然对包装有一个问题，我迷失在巨大的小插图的海洋。

小插图(https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/)包含大量的例子和图表，展示了该软件包的不同用法。有时要找到你正在寻找的解决方案并不容易。在这种情况下，不要犹豫在GitHub上发布问题。我很高兴回答你所有的问题!

我还可以添加由pheatmap()生成的热图吗?

是的，你可以参考https://jokergoo.github.io/2020/05/06/translate-from-pheatmap-to-complexheatmap/．

我可以制作交互式热图吗?

是的，请参考的InteractiveComplexHeatmap包．