# #——安装、eval = FALSE ------------------------------------------------- # 如果(!requireNamespace(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“BiocIO ") ## ---- 图书馆 ------------------------------------------------------------------ 图书馆(“BiocIO ") ## ---- importexportGeneirc ------------------------------------------------------ getGeneric(“进口”)getGeneric(“出口 ") ## ---- warningExample,eval = FALSE ----------------------------------------------- # 文件< - tempfile (fileext =“.loom”)# LoomFile(文件 ) # # ### LoomFile对象:# # # #资源文件。loom # ###警告消息:# ### 1:这个类从# ### rtracklayer扩展了已弃用的RTLFile类。使用BiocIO的BiocFile代替RTLFile。# ### 2:使用BiocIO::资源 () ## ---- replaceExample eval = FALSE ----------------------------------------------- # ## 老# setClass (LoomFile,包含= ' RTLFile ') # # ## 新# setClass (LoomFile,包含= ' BiocFile ') ## ---- defineCSVFile ------------------------------------------------------------ . CSVFile < - setClass(“CSVFile”,包含= " BiocFile ") CSVFile < -函数(资源){.CSVFile(资源=资源 ) } ## ---- defineImportExport ------------------------------------------------------- setMethod(“进口”、“CSVFile”功能(欺诈、格式、文本…){read.csv(资源(反对 ), ...) }) setMethod(“出口”,c(“data.frame”、“CSVFile”)、功能(对象、欺诈、格式,…){write.csv(对象、资源(con),...) }) ## ---- demonstrateCSV ----------------------------------------------------------- 临时< - tempfile (fileext = . csv) csv < - CSVFile(临时)出口(mtcars, csv) df < - - - - - -进口(csv) # #——sessionInfo回声= FALSE -------------------------------------------------- sessionInfo ()