### R代码从小插图来源的' b曲克。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:负载 ################################################### 库(BCRANK ) ################################################### ### 代码块2号:loadFasta ################################################### fastaFile < -执行(“Exfiles / USF1_small。足总”,包= " BCRANK ") ################################################### ### 代码块3号:loadResult ################################################### 数据(BCRANKout ) ################################################### ### 代码块数量4:viewBCRANKresult ################################################### BCRANKout ################################################### ### 代码块5号:viewTopMotif ################################################### topMotif < - toptable topMotif (BCRANKout 1) ################################################### ### 代码块6号:viewWM ################################################### weightMatrix < - pwm weightMatrix (topMotif正常化= FALSE) ################################################### ### 代码块7号:图一 ################################################### weightMatrixNormalized < - pwm (topMotif正常化= TRUE)库(seqLogo) seqLogo (weightMatrixNormalized ) ################################################### ### 代码块8号:图二 ################################################### 情节(topMotif ) ################################################### ### 代码块9号:reportSites ################################################### topConsensus <- as.character(toptable(BCRANKout)[1，"Consensus"]) print(topConsensus) bindingSites <- matchingSites(fastaFile,topConsensus) nrSites <- nrow(bindingSites) cat("Number predicted binding sites:"，nrSites，"\n") print(bindingSites[1:15，])