QRQC——变化的历史。版权所有(c) Vince Buffalo 2011-2012版本1.9.1:(2012-02-20)-分别由qualPlot, basePlot, seqlenPlot和gcPlot取代plotQuals, plotBase, plotseqlength, plotGC。这些应该用于所有的绘图;这些其他函数现在已弃用。这些新方法都基于ggplot2。这些新的绘图函数现在具有用于SequencySummary对象的命名列表的方法，这在一次比较多个序列文件时非常有用。-还有辅助绘图函数scale_color_dna, scale_color_iupac和geom_qlinerange用于创建绘图。-报告方法现在使用这些新的绘图方法。-新的访问函数getBase, getBaseProp, getQual, getSeqlen和getMCQual可用于从SequencySummary对象中返回数据帧。增加了函数list2df，用于对命名列表中的对象应用函数，并将结果组合成一个数据帧。 This is used in graphing lists of SequencySummary objects. - Removed Phred quality as a visible option in readSeqFile. I don't believe this should affect any users, but if it does, let me know.