变化版本1.12.4 +错误的固执进口macs2日志的变化版本1.12.3 + Bug修复进口DuplicationMetrics变化版本1.12.2 +进口macs2日志+ Bug修复的Bug修复进口bowtie2日志1.9.3版本变化+ Bug修复进口macs2日志1.9.2版本变化+版本的Bug修复ggplot2变化版本1.8.1 + Bug修复.makeSidebar plotFastqcPCA版本1.7.3 +简体版本的变化。现在集团是一个可选的因素。不执行聚类的变化版本是1.7.2 +版本1.7.1上弃用runFastQC变化+添加macs2 callpeak日志importNgsLogs变化版本1.6.1 +添加asPercent plotAlignmentSummary +添加的能力分配新值通过fqName < -变化版本1.5.5 +添加importSJ SJ.out进口。标签文件从对准器恒星的变化版本1.5.5 +添加plotType =“残差”plotSeqContent()版本1.5.4 +允许忽视的变化:在所有importNgsLogs()调用函数+添加累积GC阴谋plotGcContent()作为plotType =“提供”+改变策划选项名称从累积到提供plotSeqLengthDistn() +宣布弃用runFastQC()版本变化1.5.3 +固定错误更正plotOverrep变化版本1.3.4 +固定错误cutadapt进口变化v1.3.3 +添加行阴谋plotDupLevels()版本1.3.2 +的变化改变了默认模板使用DT而不是kable表和删除kableExtra依赖+ outputDir作为参数添加到writeHtmlReport()的变化版本1.1.4 +添加更新装饰图案的变化版本1.1.1 +添加plotAlignmentSummary() +添加plotFastqcPCA() +添加quast,车身,cutadapt, featureCounts, trimmomatic flagstats & AdapterRemoval支持importNgsLogs() +启用自动检测报告类型importNgsLogs GC()版本1.0.2 +添加转录组变化的内容。芥违约gcTheoretical对象的变化版本1.0.1 +表在大数据集的默认FastQC模板现在滚动+ Kmers移除默认FastQC模板+在装饰图案纠正拼写错误,独立许可文件添加& dplyr更新修正+纠正依赖writeHtmlReport 1.0.0版本的变化+初始Bioconductor发布版本的变化版本0.99.8(2019-04-03)+ * *这是一个重大改变!* *显著变化实现了大部分功能+提取模块不再是由单独的功能,但现在使用这个函数执行getModule + FastqcFileLists对象不再定义和类FastqcFile已经进入私人类.FastqcFile + FastqcDataList对象名称属性和现在可以使用子集名称+函数文件名被重命名为fqName澄清,它指的是底层Fastq申请进口Fastqc报告+所有日志文件正由单一功能importNgsLogs +大部分情节功能已经更名为较短的名字,例如plotOverrepresentedSequences现在plotOverrep + Fastqc版本是获得使用fqcVersion不是版本+功能基因组()和转录组()已被移除,这些信息是现在获得使用gcAvail(对象、类型)+函数getGcDistn()目前已更名为estGcDistn(),以避免任何混淆getGC TheoreticalGC工作对象()。版本变化0.99.1(2019-02-03)+将遥控器从描述+添加getGcDistribution使GC含量分布的计算从FastaFiles变化版本0.99.0(2019-02-01)+提交Bioconductor +闪亮的应用已经被转移到一个单独的包,位于https://github.com/UofABioinformaticsHub/shinyNgsReports