1.5.2版本的变化,增加了一个警告在runFimo bfile参数匹配现有的本地文件。1.4.1版本的变化,增加了信息的错误消息在importMeme parse_genomic_coords失败时使用自定义fasta导入。1.2.5版本的变化——固定误差时,触发ame_compare_heatmap_methods策划没有提供一组参数。变化在版本4 -更新名称空间解决R CMD检查报告。改变版本1.2.3 -固定一个缺陷在importTomTomXML tomtom列表列将包含缺失的数据如果tomtom运行使用多个数据库源作为输入。1.2.2版本的变化,固定一个bug runStreme导致在数据导入失败STREME版本> = 5.4.1之前改变1.2.1 -固定一个bug runStreme导致失败当使用BStringSetLists作为输入的变化版本1.1.3 -固定一个缺陷在runTomTom norc = TRUE设置在数据导入失败的变化版本1.1.1 - runFimo现在返回NULL时输出一条消息文本= FALSE和FIMO检测不匹配,而不是扔晦涩的错误消息的变化版本0.99.11——添加支持STREME runStreme ()。STREME将在未来取代DREME MEME套件版本。0.99.10版本的变化,固定一个错误路径不正确扩展时用作数据库条目在特定条件下的变化版本0.99.8 r -删除内联调用在integrative_analysis bioc构建机器上的装饰图案来解决问题的变化版本0.99.7——撞力包裹重建的变化版本0.99.6 -添加列表S3方法plot_sequence_heatmap现在命名序列列表可以本地传递给这个函数。——更新ChIP-seq装饰图案来演示这个变化版本0.99.5 -添加plot_sequence_heatmap让热图序列列表添加更多解释ChIP-seq装饰图案-更名为ame_plot_heatmap - > plot_ame_heatmap 0.1.2一致性的变化版本——runFimo () skip_matched_sequence违约现在是错误的。设置为TRUE如果fimo需要很长时间,然后使用add_sequence()如果需要添加它。 - runTomTom() dist default is now ed (changed from pearson). Changes in version 0.1.0 - Removed as_universalmotif_df(), as_universalmotif(), and update_motifs(). - These functions are replaced by universalmotif::to_df(), universalmotif::to_list(), and universalmotif::update_motifs() - runDreme and runTomTom results are now returned in universalmotif_df format (behaves just like a data.frame) - The motif column of universalmotif_df objects can no longer be called directly in universalmotif operations like view_motifs(df$motif). Use to_list() for this behavior instead. - To support this change, the pvalue, evalue, and qvalue columns are renamed pval, eval, and qval. The same is true for tomtom output columns match_pvalue -> match_pval, best_match_pvalue -> best_match_pval, etc. - Updated example datasets to use unviversalmotif_df type - ame_plot_heatmap ranking issue is resolved, plots now sort correctly - Added remove_duplicate_motifs and has_duplicate_motifs for detecting and removing duplicated matrices in a universalmotif object or data.frame - Overhauled the Tidying Motifs vignette for more extensive EDA and a demo of deduplication - Updated the flyFactorSurvey_cleaned.meme example database to reflect new changes to the vignette