版本变化0.99.9(2020-03-10)+修复评论在Github bioconductor提交问题提出改变v1.3.3(2021-02-03) +修复bug时不合并重叠的外显子记录注释没有重叠的记录,这可能发生在一个非常小的注释。1.3.4变化版本(2021-02-05)+选项“consistent_peak”,“consistent_log2FC_cutoff”、“consistent_fdr_cutoff”,“阿尔法”,和“p0”弃用功能exomePeak2()和exomePeakCalling ()。consistent_peak选项复制实现一致的峰值在旧包exomePeak调用算法,及其性能明显低于的NB GLM派生方法根据我们最近的测试。因此,一致性相关功能删除exomePeak2的在以后的版本。1.3.5版本的变化(2021-02-07)+改进文档描述文件和小品文。+执行差异分析时使用函数exomePeak2()的测序深度互动的漠视将估计背景特性,默认情况下是不相交的区域的峰值检测到外显子。对真实数据测试背景方法可以使差异甲基化方向更内联与摄动蛋白调节器的期望。以前,背景测序深度估计只能实现在多工位的函数而不是exomePeak2 ()。版本变化1.3.7(2021-03-10)+参数“并行”是改变exomePeak2()和exomePeakCalling()函数;现在的参数允许用户配置特定数量的并行计算中使用的核心(默认= 1)。+命名的山峰输出文件现在是按他们的基因组排序顺序。 Changes in version 1.7.0 (2022-04-20) + Improved peak calling accuracy by introducing new computational models of GC content bias correction and IP efficiency correction. + Improved peak calling stability by applying Poisson test under default setting. + Read count method is improved. + Multi-step functions and quantification mode are deprecated. + Unnecessary function parameters are removed. Changes in version 1.8.1 (2022-05-16) + Add parameters to initiate mode of motif based analysis. + Add parameters to configure saving directories. + Fix saving issue when -log pvalues have NA/NaN (no change in default method).