版本1.15.2更改------------------------新的ChIP-Gene数据库可用:*使用ReMap2022收集人类和小鼠。*添加ABC-Enhancer-Gene-Prediction预测的细胞特异性调控区域(doi:10.1038/s41588-019-0538-0)。新特性:*新的数据库格式(旧数据库仍然兼容)。格式由包含两个元素的列表组成:- Gene Keys:基因id向量- ChIP Targets:向量列表,每个ChIP-seq实验一个,包含指定的假定目标。每个目标都被编码为它在“基因密钥”向量中的位置。*通过将函数GR2tfbs_db()和makeTFBSmatrix()合并为一个makeChIPGeneDB(),简化了数据库生成。新的默认数据库:* TFEA包含的TF-Gene数据库。ChIP使用ReMap的ChIP-seq集合(v. 2022)和GeneHancer的Double Elite调控区(v. 4.8)构建。由于内存限制,内部数据库包含在TFEA中。ChIP只能存储8000+ ChIP-seq实验中的一小部分。 We selected the 926 ChIP-seq experiments done in ENCODE Project's Common Cell Types. To download the full database, as well as other ready-to-use databases generated for TFEA.ChIP, visit: https://github.com/LauraPS1/TFEA.ChIP_downloads