HTSFilter PACKAGE的发布历史======================================== HTSFilter VERSION 1.31.1的变化—删除所有与已弃用的DESeq包相关的引用和功能。Vignette从Sweave升级到Rmarkdown1.23.1 HTSFilter版本的变化,添加ImmunoOncology biocViews在描述变化HTSFilter DESeqDataSet类版本1.19.3——修复bug时附加列colData的对象除了那些用于设计(多亏了斯蒂芬妮·杜兰寻找bug !)——保持rownames colnames过滤数据矩阵和data.frame类HTSFilter变化版本1.14.1——失踪平行固定错误选项CountDataSet时使用HTSFilter的变化在HTSFilter版本1.13.1 -固定的错误在vignette导致错误消息开发(相关的新estimateDisp函数在edgeR包)-所有的文档现在自动通过Roxygen -功能的DESeq管道(CountDataSet对象)现在已废弃-添加通过BiocParallel并行计算的可能性-在DESeq2框架纠正p值的多重测试校正(仅正确的p值基因通过过滤器)使用pAdjustMethod参数在HTSFilter和HTSBasicFilter函数中开始添加单元测试框架的变化在HTSFilter VERSION 1.7.1中开始添加单元测试框架的变化—在edgeR管道中集成的小错误修复—在vignette和文档中的小更新—从导入中删除了IRanges和GenomicRanges(硬编码的mcols和colData函数用于在DESeq2管道中使用)—添加BiocStyle到建议用于HTSFilter VERSION 1.2.1中的vignette样式更改—在DESeq2管道中集成的小错误修复现在有自动独立过滤可用)——HTSFilter现在接受所有输入类型的多因素设计的数据变化HTSFilter VERSION 1.0.1——更新的引用信息，对小插图的小更新——DESeq2, IRanges和GenomicRanges添加到Imports字段，HTSFilter和HTSFilterBasic方法编写的对象与DESeqDataSet签名(从DESeq2管道)。说明HTSFilter使用的例子也添加在文档和小插图中。- DESeq和edgeR移动到Imports字段(感谢Denis Laloë的建议)-当基因ID被包括在数据帧中的列时添加警告消息(感谢Luc Jouneau的建议)HTSFilter VERSION 0.99.3-0.99.8的变化-固定HTSBasicFilter函数rpkm计算的小错误-对vignette的小改动改动HTSFilter VERSION 0.99.2 -对vignette的小更新，修复了HTSBasicFilter函数和HTSFilter版本0.99.1中的文档变化中的小错误——Vignette更新——HTSBasicFilter为HTSFilter处理的所有类的新方法——使normalizeData成为可见函数——对依赖项的更改(包括DESeq的类和方法，包括edgeR管道的附加类:gegeexact, DGEGLM, DGELRT)—手册页和引用信息的轻微更改/添加(论文在修订中)—包含CountDataSet S4对象的方法—包含额外edgeR对象的方法:DGEList, DGEExact, DGEGLM，和DGELRT现在支持—. perconditionsimilarityindex()中的微小更改使用平均值而不是总和(在不平衡实验的情况下)HTSFilter VERSION 0.99.0中的更改—提交给Bioconductor的版本碰撞。 CHANGES in HTSFilter VERSION 0.1.1 -- Some additional documentation about the HTSFilter output -- Small changes to vignette: typos, name changed to HTSFilter.pdf to allow calls to vignette("HTSFilter"), added .onAttach function to zzz.R to add HTSFilter vignette to Windows toolbar. -- Added HTSFilter method for signature "data.frame" CHANGES in HTSFilter VERSION 0.1.0 This is the first release (29 October 2012).