2.22.0版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o基因集:选择分层注释(新参数“分层”函数getGenesets)版本2.20.0变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o新功能“进口”进口与limma微分表达式的结果分析,磨边机,和DESeq2 o新功能“showAvailableSpecies”列表支持物种选择的一组基因数据库(KEGG, MSigDB、Enrichr…) o新功能“showAvailableCollections”列表提供了一种支持基因集集合一组基因数据库的选择(KEGG, MSigDB、Enrichr…) o基因集:基因集不同基因的获取和缓存ID类型(新论点gene.id。类型的函数“getGenesets”) o基因集:滤去证据代码(新参数“evid”函数getGenesets) o 2.18.0 nbea方法变化中包括简洁的版本- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o基因集:支持额外的基因数据库——getGenesets (db =“msigdb”)获得msigdb 11不同物种的基因集(通过msigdbr)——getGenesets (db =“enrichr”)获得enrichr 5不同物种的基因集库o基因ID映射集和基因调控网络(函数idMap) o实现variance-stabilizing RNA-seq数据转换(函数“正常化”,参数的规范。方法=“威仕特”)来简化应用程序版本2.12.0遗留浓缩方法的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o主要重构ID映射的rownames SummarizedExperiment: idMap / probe2gene)(功能:-。构成了rowData列ID也可以支持用户定义的映射,支持数据驱动策略对于很多:1和1:许多映射——同步行为的微阵列探针ID映射(probe2gene)和通用基因ID映射(idMap) o备选表示的基因集基于GSEABase: GeneSet GSEABase:: GeneSetCollection促进基因ID映射集(函数getGenesets) o输出目的地的HTML报告(功能eaBrowse / ebrowser):扩展通过参数控制。dir和report.name覆盖相应配置默认值(configEBrowser)名义和调整假定值的分离阿德和EA结果表(函数deAna / sbea / nbea)版本2.10.0变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o将脚本添加到本月/脚本从命令行调用EnrichmentBrowser(模拟用户)o入库单编译:支持额外的数据库路径(通过石墨)o缓存下载去KEGG基因集(通过BiocFileCache) o默认输出目的地改为rappdirs:: user_data_dir (EnrichmentBrowser) o函数名:x的弃用。x符号- read.eset - > readSE probe.2.gene.eset - > probe2gene de.ana - > deAna compile.grn.from.kegg - > compileGRN ggea。图- > ggeaGraph - make.example。数据- >版本2.8.0 makeExampleData变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o主要从ExpressionSet迁移SummarizedExperiment版本测试盒框的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o添加min.cpm RNA-seq数据过滤de.ana o额外sbea方法:gsa, mgsa, padog, globaltest,烤,相机,gsva o额外nbea方法:netgsa, degraph, topologygsa, ganpa, cepa VERSION 2.2.0变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o轻微修改奥拉的超几何假定值计算根据http://mengnote.blogspot.de/2012/12/calculate-correct-hypergeometric-p.html o GGEA适应也处理第二列入库单o SPIA适应处理non-kegg基因集合o包括EmpiricalBrownsMethod(实证)在sbea方法2.0.0版本的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -看乐队的大修'feel基于ReportingTools o交互式图形使用imageMap o改写集和图形视图新的kegg视图基于pathview o适应特定的本地数据GSEA sample-permutation RNA-seq数据方法,安全,和SAMGS o包括PathNet nbea o GSEA排列近似方法基于npGSEA o扩展组合功能的变化版本1.2.0 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o de.ana:扩展RNA-seq现在包括DESeq和磨边机o get.go。genesets:新getter genesets o de.ana:现在基于o ggea limma功能。图:扩展控制布局o ggea: *排列假定值现在基于快速边缘重采样*假定值近似基于高斯混合*扩展控制边缘选择(一致性阈值、边缘类型…)版本1.0.0的变化- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - o“EnrichmentBrowser”方案的最初版本