1.9.2版本的变化保持元数据列目标o添加函数分割插入序列的变化版本1.7.12 o改变CrisprSe insertion_sites美元“idx”列读取索引读取多个插入版本变化1.7.10 o CrisprSet方法setCigarLabels现在允许重命名标签版本变化1.7.9 o更新mergeCrisprSets依照计算操作的新秩序的变化版本1.7.7 o为指导边界框添加了min和max情节o修复缺陷导致plotFreqHeatmap当使用“集团”一行数矩阵的变化版本1.7.5 o等位基因数变化后更新测试o添加创建。情节的理由plotFreqHeatmap CrisprSet与签名。o为色素添加了一个选项“风格”plotAlignments只有不匹配核苷酸o narrowAlignments PacBio雪茄格式更改o collapsePairs Bug修复。readsToTarget之外只发生在运行。o补充道“等位基因”访问器相关的变体标签截断雪茄字符串返回unmergeable排列而不是提高一个错误o小代码更改,让它更容易运行标准计算管道o代码初始化分割成单独的文件的版本1.7.4 o添加创建易读性变化。情节的理由plotFreqHeatmap CrisprSet与签名。版本是1.7.2 o允许绘制任意变化很多的子集对齐的区域变化版本1.7.1上o重组plotAlignments代码允许策划的子集对齐的区域。o轻微改变记录情节plotVariants背景白色不透明。o版本1.5.9之后的变化更全面的输入检查readsToTarget,删除冗余检查CrisprSet初始值设定项。o修复bug,序列错误地称为不变体如果目标是负链但正链参考。o改变默认SNV打电话来6基地下游代替5覆盖PAM o添加测试不匹配的参考和目标的变化版本1.5.8 o添加了一个选项来过滤变异的名字当计数或策划的变化版本1.5.7 o修复主要缺陷防止过滤plotFreqHeatmap o修复bug在mergeChimeras如果没有嵌合体可以合并版本变化1.5.6 o Autogenerate bam指数readsToTarget选项嵌合体=“忽视”的变化版本1.5.3 o plotAlignments更正现在接受相同的过滤参数作为variantCounts版本1.5.1 o新变化参数的等位基因在plotAlignments和plotFreqHeatmap选择要显示的等位基因或特定的绘制顺序删除不必要的字段从CrisprRun类o新访问器函数alns比对从CrisprSet o改进plotAlignments避免不必要的符号的传奇o修复头plotFreqHeatmap当使用类型=“比例”和提供样品订单o consensusSeqs现在返回雪茄作为元数据默认o开始缩进四个空格开始的变化版本1.3.7 o更新装饰图案o修复bug清除变异的名字legend.symbol variantCounts o固定参数。大小被忽略在plotAlignmenta DNAString-method。1.3.6 o修复版本的变化在新功能mergeChimeras没有嵌合体1.3.5版本变化o新选项“minoverlap”readsToTarget允许读取不跨越目标区域被认为是o plotAlignments现在与性格以及DNAString对象o合并的差距映射现在嵌合体可能变化1.3.4 o版本新功能refFromAlns推断一致的参考序列读取o固定错误导致空阴谋策划一个对齐时,删除o annotateGenePlot从面板。边缘面板。spacing in accordance with recent ggplot2 versions o Added "create.plot" argument to plotAlignments for signature CrisprSet to make plot customisation easier. o Fixed bug in argument names when all alignments are chimeric o CrisprRun name now defaults to the coordinates when no name is provided Changes in version 1.3.3 o Fixed bug causing incorrect x-axis position in plotAlignments when strand unspecified Changes in version 1.1.6 o plotAlignments can now mark codon boundaries if codon frame is specified. o Added citation Changes in version 1.1.5 o More flexible specification of strand with new readsToTarget parameter 'orientation' o Fixed warning caused by implicit embedding of S4 objects o Added tests for 'plotAlignments' and 'annotateGenePlot' o Minor speedup and internal restructuring of 'annotateGenePlot' o Added CRISPR biocView o Changed NEWS to rd format Changes in version 1.1.4 o Fixed a bug that prevented SNV settings being used in some circumstances Changes in version 1.1.2 o new function consensusSeqs returns the consensus sequences of the variant alleles