XCMS

doi：10.18129/b9.bioc.xcms

LC-MS和GC-MS数据分析

生物导体版本：版本（3.13）

色谱分离和单光谱质谱数据的处理和可视化框架。从AIA/ANDI NETCDF，MZXML，MZDATA和MZML文件中导入。预处理数据，用于高通量，未定位的分析物分析。

作者：Colin A. Smith [CTB]，Ralf Tautenhahn [CTB]，Steffen Neumann [AUT，CRE]，保罗·本顿[CTB]，克里斯托弗·康利[CTB]，约翰内斯·雷纳[CTB]，迈克尔·维廷[CTB]，威廉·库姆勒[CTB]

维护者：Steffen Neumann

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ xcms”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

BrowseVignettes（“ XCMS”）

html	R脚本	将FTICR-MS数据与XCMS分组
html	R脚本	使用XCMS的LC-MS/MS数据分析
html	R脚本	LCMS数据预处理和XCMS分析
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载
版本	3.14.0
在生物导体中	Bioc 1.6（R-2.1）或更早（> 16年）
执照	GPL（> = 2） +文件执照
要看	r（> = 4.0.0），生物比较（> = 1.8.0），MSNBase（> = 2.17.7）
进口	MZR（> = 2.25.3），方法，生物酶，，，，生物基因，，，，蛋白质（> = 1.23.7），格子，，，，rcolorbrewer，，，，plyr，，，，拉恩，，，，MassSpececebeet（> = 1.5.2），S4VECTORS，，，，鲁棒，，，，iranges，，，，总结性特征，，，，mscoreutils
链接
建议	生物使用，，，，表情，，，，尼特（> = 1.1.0），法阿科，，，，MSDATA（> = 0.25.1），NCDF4，，，，测试，，，，潘德，，，，马格里特，，，，rmarkDown，，，，多检验，，，，害怕，，，，pheatmap，，，，光谱（> = 1.1.17），msbackendmgf
系统要求
增强	rgraphviz，，，，RGL，，，，XML
URL	https://github.com/sneumann/xcms
BugReports	https://github.com/sneumann/xcms/issues/new
取决于我	相机，，，，法阿科，，，，弗拉姆，，，，IPO，，，，洛布斯塔斯，，，，变代，，，，metams，，，，NCGTW，，，，profia，，，，pth2O2lipids
进口我	相机，，，，集团，，，，Cosmiq，，，，梅特，，，，Risa
建议我	clumsid，，，，MassSpececebeet，，，，MSDATA，，，，M型，，，，mtbls2，，，，rforpoteomics，，，，rmassbank
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	xcms_3.14.0.tar.gz
Windows二进制	xcms_3.14.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	xcms_3.14.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/xcms
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/xcms
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/xcms/
软件包下载报告	下载统计