Wavcluster
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doi：10.18129/b9.bioc.wavcluster
PAR-CLIP数据中RNA蛋白相互作用位点的敏感且高度分辨的鉴定
生物导体版本：版本（3.15）
该软件包提供了用于分析PAR-CLIP数据的集成管道。首先，通过非参数混合模型将PAR-CLIP诱导的过渡与测序误差，SNP和其他非实验源区分开。然后在高分辨率下解决蛋白质结合位点（簇），并使用严格的贝叶斯框架估算簇统计。结果的后处理，UCSC基因组浏览器可视化和基序搜索分析的数据导出。此外，该软件包允许集成RNA-seq数据以估计群集检测的错误发现率。密钥函数支持并行多重点计算。注意：虽然WavCluster设计用于PAR-CLIP数据分析，但它可以应用于从诱导核苷酸取代的实验程序获得的其他NGS数据（例如Bisseq）。
作者：Federico Comoglio和Cem Sievers
维护者：gmail.com上的federico comoglio
引用（从r内，输入引用（“ Wavcluster”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ wavcluster”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ WavCluster”）
| html | R脚本 | WAVCLUSTER：用于PAR-CLIP数据分析的工作流程 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 2.30.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.0（R-3.1）（7。5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 3.2），基因组机（> = 1.31.8），rsamtools |
| 进口 | 方法，生物基因，，，，S4VECTORS（> = 0.17.25），iranges（> = 2.13.12），生物弦（> = 2.47.6），foreach，，，，GenomicFeatures（> = 1.31.3），GGPLOT2，，，，HMISC，，，，mclust，，，，rtracklayer（> = 1.39.7），seqinr，，，，Stringr |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19 |
| 系统要求 | |
| 增强 | DOMC |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | wavcluster_2.30.0.tar.gz |
| Windows二进制 | wavcluster_2.30.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | wavcluster_2.30.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/wavcluster |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/wavcluster |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/wavcluster/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
