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- Bioconductor 3.16
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vidger
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DOI:10.18129 / B9.bioc.vidger
创建快速的可视化RNAseq R中的数据
Bioconductor版本:版本(3.16)
vidger的目的是快速生成信息丰富的可视化解释结果从三个基因差异表达的广泛使用的工具:Cuffdiff DESeq2,磨边机。
作者:布兰登Monier (aut (cre),亚当McDermaid (aut),赵京(aut),秦马(aut(曾经)
维护人员:布兰登Monier <布兰登。在gmail.com monier >
从内部引用(R,回车引用(“vidger”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“vidger”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“vidger”)
| HTML | R脚本 | 可视化与ViDGER RNA-seq数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.18.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.7 (r - 3.5)(4.5年) |
| 许可证 | GPL-3 |文件许可证 |
| 取决于 | R (> = 3.5) |
| 进口 | Biobase,DESeq2,刨边机,GGally,ggplot2,ggrepel,knitr,RColorBrewer,rmarkdown,尺度统计数据,SummarizedExperiment,tidyr,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/btmonier/vidger//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/vidger.html |
| BugReports | https://github.com/btmonier/vidger/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | vidger_1.18.0.tar.gz |
| Windows二进制 | vidger_1.18.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | vidger_1.18.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | vidger_1.18.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vidger |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ vidger |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/vidger/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/vidger/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
