variancePartition

DOI:10.18129 / B9.bioc.variancePartition

在多水平基因表达实验中量化和解释多种变异

Bioconductor版本:发行版(3.15)

量化和解释基因表达实验中生物和技术变异的多个来源。使用线性混合模型来量化可归因于个人、组织、时间点或技术变量的基因表达变化。包括重复测量的梦差异表达分析。

作者:Gabriel Hoffman [aut, cre]

维护者:Gabriel E. Hoffman < Gabriel。霍夫曼在mssm.edu >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("variancePartition")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“variancePartition”)

PDF	R脚本	1)关于使用variancePartition的教程
超文本标记语言	R脚本	2)额外的可视化
超文本标记语言	R脚本	3)随机效应和REML的理论与实践
超文本标记语言	R脚本	4)梦:重复测量设计的差异表达测试
超文本标记语言	R脚本	5)常见问题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (R-3.2)(7年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.0.0),ggplot2，limma，BiocParallel
进口	质量，pbkrtest(> = 0.4 4),lmerTest，矩阵，迭代器，foreach，doParallel，gplots，RhpcBLASctl，进步，reshape2，大气气溶胶，尺度，Rdpack，rlang，lme4(>= 1.1-10)， grDevices，图形，Biobase，方法，utils，统计
链接
建议	BiocStyle，knitr，老鸨，rmarkdown，刨边机，dendextend，tximport，tximportData，舞会礼服，DESeq2，RUnit，BiocGenerics，r2glmm，readr
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/variancePartitionhttps://DiseaseNeuroGenomics.github.io/variancePartition
BugReports	https://github.com/DiseaseNeuroGenomics/variancePartition/issues
取决于我
进口我	马斯喀特
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	variancePartition_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	variancePartition_1.26.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	variancePartition_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ variancePartition
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/variancePartition/
包下载报告	下载数据