tximport

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximport

导入并总结转录水平的估计，用于转录水平和基因水平的分析

生物导体版本:发布(3.12)

导入转录水平的丰度，估计计数和转录长度，并总结成矩阵，用于下游基因水平的分析包。平均转录本长度，以样本特异性转录本丰度估计加权，作为一个矩阵，可用于抵消基因水平计数的不同表达。

作者:Michael Love (cre,aut)， Charlotte Soneson (aut)， Mark Robinson (aut)， Rob Patro (ctb)， Andrew Parker Morgan (ctb)， Ryan C. Thompson (ctb)， Matt Shirley (ctb)， Avi Srivastava

维护者:Michael Love

安装

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如果(!安装BiocManager::install("tximport")

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文档

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browseVignettes(“tximport”)

超文本标记语言	R脚本	使用tximport导入文本丰度数据集
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	跑龙套、统计方法
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,tximportData,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,readr(> = 0.2.2),limma,刨边机,csaw,DESeq2(> = 1.11.6),rhdf5,jsonlite,matrixStats,矩阵,鱼池
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/tximport
取决于我
进口我	alevinQC,BgeeCall,IsoformSwitchAnalyzeR,tximeta
建议我	强盗,DESeq2,HumanTranscriptomeCompendium,SummarizedBenchmark,variancePartition
我的链接
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包档案

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源包	tximport_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	tximport_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	tximport_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximport
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tximport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tximport/
包下载报告	下载数据