- 家
- Biocumon 3.12.
- 软件包
- 特纳
特纳
 |
 |
 |
 |
 |
 |
 |
DOI：10.18129 / b9.bioc.trena.
使用基因表达，前锋，机器学习配合转录调控网络
Biocometiond版本：释放（3.12）
重建转录调控网络的方法，特别是在可获得基因组TF结合点信息的物种中。
作者：Seth Ament
维护者：Paul Shannon
引文（从R内，输入引文（“Trena”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：
if（！procenamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“trena”）
对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。
文件
要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：
Browsevignettes（“Trena”）
| HTML. | r script. | 简要介绍Trena |
| HTML. | 案例研究四：促红细胞中的一种新型诱导剂2？ | |
| HTML. | 案例研究一个：在散装RNA-SEQ中通过GATA1再现NFE2的已知调节 | |
| HTML. | 案例研究三：通过GATA1在散装RNA-SEQ中繁殖NFE2的已知调节 | |
| HTML. | 案例研究两种通过GATA1在erytrhop RNA-seq中再现NFE2的已知调节 | |
| HTML. | r script. | 探索输出控制 |
| HTML. | r script. | 微小的小插图示例 |
| HTML. | r script. | Trena：基因调控的计算预测 |
| PDF. | 参考手册 | |
| 文本 | 消息 |
细节
| Biocviews. | bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 那bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.12.1 |
| 在生物导体中以来 | BIOC 3.6（R-3.4）（3.5岁） |
| 执照 | GPL-3 |
| 依靠 | r（> = 3.5.0），UIL，glmnet.（> = 2.0.3），motifdb.（> = 1.19.17） |
| 进口 | rsqlite.那RMYSQL.那Lassopv.那随机林那vbsr.那XGBoost.那生物相投那RPOSTGRESQL.， 方法，DBI.那bsgenome.那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38那bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19那bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10那snplocs.hsapiens.dbsnp150.grch38.那org.hs.eg.db.那生物仪器那Genomicranges.那生物雕那annotationdbi. |
| 链接到 | |
| 建议 | 运行那普利尔那kn那生物根系那RAMAMAMDOW.那bsgenome.scerevisiae.ucsc.saccer3.那bsgenome.athalana.tair.tair9. |
| 系统要求 | |
| 加强 | |
| URL. | https://pricelab.github.io/trena/ |
| Bugreports. | https://github.com/pricelab/trena/issues. |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接给我 | |
| 建立报告 |
包档案包
跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。
| 源包 | trena_1.12.1.tar.gz. |
| Windows二进制文件 | trena_1.12.1.zip. |
| Macos 10.13（高塞拉） | trena_1.12.1.tgz. |
| 源存储库 | git clone https://git.biocumon.org/packages/trena. |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.biocondudard.org：包装/ Trena |
| 包短网址 | https://biocumon.org/packages/trena/ |
| 包裹下载报告 | 下载统计信息 |
| BIOC 3.12的旧源包 | 源档案 |
