treekoR

DOI:10.18129 / B9.bioc.treekoR

细胞簇层次和细胞与表型的关联

Bioconductor版本:Release (3.15)

treekoR是一种新颖的框架，旨在利用单细胞细胞术数据的层次性来发现细胞亚群和患者临床终点之间的可靠和可解释的关联。这些关联旨在概括涉及手动门控的工作流程中普遍存在的嵌套比例，这在使用自动聚类识别细胞群的工作流程中经常被忽视。我们开发了treekoR，以:导出细胞簇的分层树结构;量化细胞类型相对于样本中所有细胞的比例(%总数)，以及相对于亲本群体的比例(%亲本);使用计算出的比例进行显著性检验;并提供交互式HTML可视化，以帮助突出显示关键结果。

作者:Adam Chan [aut, cre]， Ellis Patrick [ctb]

维护者:Adam Chan < Adam .s。Chan在syney.edu.au >

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“treekoR”)

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.1)
进口	属性,跑龙套,tidyr，dplyr，data.table，ggiraph，ggplot2，hopach，猿，ggtree，拼接而成，SingleCellExperiment，diffcyt，刨边机，lme4，multcomp
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，催化剂，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	treekoR_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	treekoR_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/treekoR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/treekoR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/treekoR/
软件包下载报告	下载数据