Transomics2Cytoscape
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doi：10.18129/b9.bioc.transomics2Cytoscape
使用Cytoscape的3D反摩尼网络可视化的工具集
生物导体版本：版本（3.15）
Transomics2Cytoscape通过提供指定多个KEGG途径层的ID，其相应的Z轴高度以及代表路径层之间边缘的输入来生成3D跨性能可视化的文件。例如，使用边缘来描述途径上的激酶与另一个途径上的酶之间的关系。该软件包可以自动创建跨性别网络，如Yugi.2014（https://doi.org/10.1016/j.celrep.2014.07.021）所示，使用Cytoscape Automation（https://doi.org/10.1186/）S13059-019-1758-4）。
作者：Kozo Nishida [AUT，CRE]
，katsuyuki yugi [aut]
维护者：kozo nishida
引用（从r内，输入引用（“ Transomics2Cytoscape”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Transomics2Cytoscape”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Transomics2Cytoscape”）
| html | R脚本 | Transomics2Cytoscape |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.6.1 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.12（R-4.0）（2年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | |
| 进口 | RCY3，，，，keggrest，，，，dplyr，，，，purrr，，，，蒂布尔 |
| 链接 | |
| 建议 | 测试，，，，roxygen2，，，，尼特，，，，生物使用，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | Cytoscape> = 3.9.1 |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | Transomics2Cytoscape_1.6.1.tar.gz |
| Windows二进制 | transomics2Cytoscape_1.6.1.zip（仅64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | Transomics2Cytoscape_1.6.1.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transomics2cytoscape |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/transomics2cytoscape |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/transomics2cytoscape/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
| Bioc 3.15的旧源软件包 | 来源存档 |
