tradeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.tradeSeq

基于轨迹的测序数据差异表达分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

tradeSeq为拟合回归模型提供了一种灵活的方法，可用于寻找沿一条轨迹的一个或多个谱系差异表达的基因。在拟合模型的基础上，它使用各种适合于回答不同感兴趣问题的测试，例如，发现其表达与伪时间相关的基因，或沿轨迹(在特定区域)差异表达的基因。对每个基因拟合一个负二项式广义可加性模型(GAM)，并对GAM的参数进行推理。

作者:Koen Van den Berge [aut]， Hector Roux de Bezieux [aut, cre]、凯利·斯特里特[aut, ctb]、列文·克莱门特[aut, ctb]、桑德琳·杜杜特[ctb]

维护者:Hector Roux de Bezieux < Hector。Rouxdebezieux在berkeley.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tradeSeq”)

超文本标记语言		不同条件下的差异表达式
超文本标记语言	R脚本	单眼镜+ tradeSeq
超文本标记语言	R脚本	更多与fitGAM合作的细节
超文本标记语言	R脚本	tradeSeq工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	mgcv，刨边机，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment，弹弓，magrittr，RColorBrewer，BiocParallel，Biobase，pbapply，igraph，ggplot2，princurve、方法、S4Vectors，宠物猫，矩阵，TrajectoryUtils，冬青，matrixStats，质量
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，covr，clusterExperiment
SystemRequirements
增强了
URL	https://statomics.github.io/tradeSeq/index.html
BugReports	https://github.com/statOmics/tradeSeq/issues
全靠我	OSCA.advanced
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	tradeSeq_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	tradeSeq_1.12.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	tradeSeq_1.12.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	tradeSeq_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tradeSeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tradeSeq
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/tradeSeq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tradeSeq/
软件包下载报告	下载数据