trackViewer

DOI:10.18129 / B9.bioc.trackViewer

R/Bioconductor软件包,具有web界面,可绘制优雅的交互式轨道或棒棒糖图,以促进多组学数据的综合分析

Bioconductor版本:Release (3.15)

可视化映射读取以及注释作为NGS数据集(如ChIP-seq, RNA-seq, miRNA-seq, DNA-seq, snp和甲基化数据)的跟踪层。

作者:欧建宏[aut, cre],朱丽华[au]

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

引文(从R内,输入引用(“trackViewer”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“trackViewer”)

超文本标记语言 R脚本 trackViewer小插图:改变轨道样式
超文本标记语言 R脚本 trackViewer小插图:蒲公英情节
超文本标记语言 R脚本 小插图:lollipopPlot
超文本标记语言 R脚本 trackViewer小插图:概述
超文本标记语言 R脚本 trackViewer小插曲:情节交互数据
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews bob 体育平台下载 bob 体育平台下载
版本 1.32.1
在Bioconductor BioC 2.14 (R-3.1)(8年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R (>= 3.5.0), grDevices,GenomicRanges、网格Rcpp
进口 GenomeInfoDbGenomicAlignmentsGenomicFeaturesGvizRsamtoolsS4VectorsrtracklayerBiocGenerics尺度、工具、IRangesAnnotationDbigrImporthtmlwidgetsplotrixRgraphvizInteractionSet跑龙套,rhdf5
链接 Rcpp
建议 biomaRtTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneRUnitorg.Hs.eg.dbBiocStyleknitrVariantAnnotationhttrhtmltoolsrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 NADfinder
建议我 ATACseqQCChIPpeakAnno
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 trackViewer_1.32.1.tar.gz
Windows二进制 trackViewer_1.32.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) trackViewer_1.32.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trackViewer
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/trackViewer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/trackViewer/
软件包下载报告 下载数据
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网