topgo

doi:10.18129/b9.bioc.topgo

基因本体论的富集分析

生物导体版本:版本(3.15)

Topgo软件包提供了用于测试GO术语的工具,同时考虑GO图的拓扑结构。可以实施和应用不同的测试统计数据和不同的方法来消除GO术语之间的局部相似性和依赖性。

作者:Adrian Alexa,Jorg Rahnenfuhrer

维护者:gmail.com上的Adrian Alexa

引用(从r内,输入引用(“ Topgo”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.2”)并输入:

if(!quired(“ Biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ Biocmanager”)Biocmanager :: install(“ Topgo”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Topgo”)

PDF R脚本 topgo
PDF 参考手册

细节

生物浏览 bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载 ,,,,bob 体育平台下载
版本 2.48.0
在生物导体中 Bioc 2.0(R-2.5)(15年)
执照 LGPL
要看 R(> = 2.10.0),方法,生物基因(> = 0.13.6),图形(> = 1.14.0),生物酶(> = 2.0.0),go.db(> = 2.3.0),AnnotationDbi(> = 1.7.19),Sparsem(> = 0.73)
进口 格子,,,,矩阵,,,,DBI
链接
建议 全部,,,,HGU95AV2.DB,,,,HGU133A.DB,,,,GeneFilter,,,,Xtable,,,,多检验,,,,rgraphviz,,,,全球测试
系统要求
增强
URL
取决于我 BGEEDB,,,,CCTORIAL,,,,Celltree,,,,Compepitools,,,,Egsea,,,,格兰妮,,,,理想的,,,,Maendtoend,,,,moanin,,,,翻译
进口我 APL,,,,Biomm,,,,细胞,,,,Exphuntersuite,,,,foldgo,,,,戈西姆,,,,omadb,,,,PCAEXPLORER,,,,psygenet2r,,,,转录图,,,,Viseago
建议我 fgnet,,,,Geva,,,,Intramirexplorer,,,,mirnatap,,,,Pareg,,,,林戈
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 topgo_2.48.0.tar.gz
Windows二进制 topgo_2.48.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) topgo_2.48.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topgo
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/topgo
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/topgo/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网