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tilingArray
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DOI:10.18129 / B9.bioc.tilingArray
高密度寡核苷酸平铺阵列的转录本作图
Bioconductor版本:发行版(3.16)
该软件包提供的功能可用于分析高密度平片微阵列数据(如来自Affymetrix基因芯片)，以测量转录本丰度和结构。该软件包的主要功能有:1。类'segmentation'用于表示线性序列数据的分割;2.函数“分段”拟合分段常数模型使用的动态规划算法，既快又准确;3.函数'confint'用于使用结构包计算置信区间;4.函数'plotAlongChrom'用于生成漂亮的图形;5. the function 'normalizeByReference' for probe-sequence dependent response adjustment from a (set of) reference hybridizations.
作者:Wolfgang Huber, Zhenyu Xu, Joern Toedling, Matt Ritchie贡献
维护者:徐振宇
引文(从R内，输入引用(“tilingArray”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“tilingArray”)
| R脚本 | plotAlongChrom函数的介绍 | |
| R脚本 | 介绍使用分段函数拟合分段常数曲线 | |
| 使用tilingArray包中的normalizeByReference函数进行规范化 | ||
| 分割演示 | ||
| 补充。成本矩阵的计算 | ||
| 参考手册 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.76.0 |
| 在Bioconductor | BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 17.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 2.11.0)，Biobase、方法、象图 |
| 进口 | strucchange，affy，vsn，genefilter，RColorBrewer， grid, stats4 |
| 链接 | |
| 建议 | |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 全靠我 | davidTiling |
| 进口我 | ADaCGH2，snapCGH |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | tilingArray_1.76.0.tar.gz |
| Windows二进制 | tilingArray_1.76.0.zip(64位) |
| macOS二进制文件(x86_64) | tilingArray_1.76.0.tgz |
| macOS二进制文件(arm64) | tilingArray_1.76.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tilingArray |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tilingArray |
| 生物包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/tilingArray/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/tilingArray/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
