systemPipeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.systemPipeR

systemPipeR: NGS工作流和报告生成环境

生物导体版本:发布(3.12)

R软件包用于构建和运行广泛的下一代序列(NGS)应用程序的自动化端到端分析工作流，如RNA-Seq, ChIP-Seq, VAR-Seq和Ribo-Seq。重要的特性包括跨不同的NGS应用程序的统一工作流接口、自动报告生成，以及支持在本地计算机或计算集群上运行R和命令行软件，如NGS对齐器或峰值/变体调用器。通过一致实现的示例注释基础设施，可以方便地有效处理复杂样本集和实验设计。systemPipeR的使用说明在概述Vignette (HTML)中给出。下面链接的其余Vignettes是通用NGS用例的工作流模板。

作者:托马斯Girke

维护者:Thomas Girke < Thomas。在ucr.edu girke >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("systemPipeR")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“systemPipeR”)

超文本标记语言	R脚本	systemPipeR:工作流设计和报表生成环境
超文本标记语言	R脚本	systemPipeR:工作流收集
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

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版本	1.24.6
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Rsamtools(> = 1.31.2),Biostrings,ShortRead(> = 1.37.1)方法
进口	GenomicRanges,GenomicFeatures(> = 1.31.3),SummarizedExperiment,VariantAnnotation(> = 1.25.11),rjson,ggplot2,limma,刨边机,DESeq2,GOstats,GO.db,注释,pheatmap,batchtools,yaml,stringr,为了,magrittr,点,rsvg,IRanges
链接
建议	BiocGenerics,猿,RUnit,BiocStyle,knitr,rmarkdown,biomaRt,BiocParallel,BiocManager,systemPipeRdata,GenomicAlignments、网格
SystemRequirements	systemPipeR可用于运行外部命令行软件(如短读对准器)，但需要在系统上安装相应的工具。
增强了
URL	https://girke.bioinformatics.ucr.edu/systemPipeR/
取决于我
进口我	DiffBind,RNASeqR
建议我	systemPipeRdata,systemPipeShiny
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	systemPipeR_1.24.6.tar.gz
Windows二进制	systemPipeR_1.24.6.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	systemPipeR_1.24.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systemPipeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ systemPipeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/systemPipeR/
包下载报告	下载数据
BioC 3.12的旧源包	源存档