突触

DOI:10.18129 / B9.bioc.synapsis

一个自动分析减数分裂过程中双链断裂修复的R包

Bioconductor版本:发行版(3.16)

Synapsis是一款Bioconductor软件包，用于自动(无偏倚和可重复)分析减数分裂免疫荧光数据集。该软件的主要功能可以i)识别减数分裂前期由突触复合体轴或中心元件蛋白标记的细胞，ii)分离单个突触复合体并测量其物理长度，iii)量化病灶并将其与突触复合体共定位，iv)测量突触复合体相关病灶之间的干扰。该软件的应用范围扩展到多个物种，并分析其他标记减数分裂前期染色体的蛋白质。该软件将减数分裂免疫荧光图像转换为与机器学习方法兼容的R数据帧。给定一组减数分裂扩散切片的显微图像，突触在单个单细胞周围裁剪图像，在每个细胞的基础上计算链上共焦的病灶，并测量任意给定链上病灶之间的距离。

作者:露西·麦克尼尔[aut, cre, cph]，韦恩·克里斯马尼[rev, ctb]

维护者:Lucy McNeill

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“突触”)

超文本标记语言	R脚本	Using-synapsis
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	EBImage，统计，utils，图形
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat(> = 3.0.0),ggplot2，tidyverse，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	synapsis_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	synapsis_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	synapsis_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	synapsis_1.4.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/synapsis
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/synapsis
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/synapsis/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/synapsis/
软件包下载报告	下载数据