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svaNUMT
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DOI:10.18129 / B9.bioc.svaNUMT
来自结构变量调用的NUMT检测
Bioconductor版本:Release (3.15)
svaNUMT包含从结构变量调用中检测NUMT事件的函数。它采用断点标记GRanges中的结构变体调用，并通过核-线粒体断点连接识别numt。如果在一定距离阈值内的核基因组上发现一对有效的插入位点，则main函数报告候选numt。候选numt由事件报告。
作者:毁东[aut, cre]
维护者:毁东
引文(从R内，输入引用(“svaNUMT”))：
安装
要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:
如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(“svaNUMT”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | svaNUMT包 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在Bioconductor | bio3.14 (R-4.1)(1年) |
| 许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
| 取决于 | GenomicRanges，rtracklayer，VariantAnnotation，StructuralVariantAnnotation，BiocGenerics，Biostrings， r (>= 4.0) |
| 进口 | 为了，stringr，dplyr、方法、rlang，GenomeInfoDb，S4Vectors，GenomicFeatures |
| 链接 | |
| 建议 | TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，ggplot2，devtools，testthat(> =魅惑,roxygen2，knitr，readr，plyranges，circlize，IRanges，SummarizedExperiment，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/PapenfussLab/svaNUMT/issues |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | svaNUMT_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | svaNUMT_1.2.0.zip |
| macOS 10.13 (High Sierra) | svaNUMT_1.2.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/svaNUMT |
| 源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/svaNUMT |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/svaNUMT/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
