SVA

doi：10.18129/b9.bioc.sva

替代变量分析

生物导体版本：版本（3.15）

SVA软件包包含在高通量实验中消除批处理效应和其他不需要变化的功能。具体而言，SVA软件包包含用于识别和构建高维数据集的替代变量的功能。替代变量是直接根据高维数据构建的协变量（例如基因表达/RNA测序/甲基化/脑成像数据），可用于随后的分析，以调整未知，未建立或潜在的噪声源。SVA软件包可用于以三种方式删除工件：（1）识别和估计高通量实验中未知来源的替代变量（Leek and Storey 2007 PLOS Genetics，2008 PNAS），（2）直接删除已知的批次使用战斗（Johnson等，2007生物统计学）和（3）使用已知对照探针（Leek 2014 Biorxiv）去除批处理效应的效果。删除批处理效应并在差异表达分析中使用替代变量已被证明可以降低依赖性，稳定错误率估计并提高可重复性，请参见（Leek and Storey 2007 PLOS Genetics，2008 PNAS或Leek etal。1011Nat。Nat。回顾遗传学）。

作者：Jeffrey T. Leek ，W。EvanJohnson 的Wej，Hilary S. Parker ，Elana J.Andrew E. Jaffe ，Yuqing Zhang gmail.com>，John D. Storey ，leonardo collado collado collado collado collado torres

维护者：jeffrey T. Leek ，John D. Storey ，W。EvanJohnson

安装

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if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ SVA”）

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文档

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PDF	R脚本	SVA教程
PDF		参考手册

细节

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版本	3.44.0
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（10。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.2），MGCV，，，，GeneFilter，，，，生物比较
进口	矩阵，统计，图形，utils，林玛，，，，EDGER
链接
建议	pamr，，，，BladderBatch，，，，生物使用，，，，斑马鱼，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我	rnaseqgene，，，，扫描
进口我	分配，，，，舞会礼服，，，，batchqc，，，，Bionero，，，，BNBC，，，，Bnem，，，，冠军，，，，杂交，，，，细胞动力，，，，达米尔塞克，，，，碎片器，，，，Desousa2013，，，，葡萄球，，，，doppelgangr，，，，边缘，，，，表达式正式工作流，，，，Knowseq，，，，MBEC，，，，MSPREP，，，，Omicrexposom，，，，PAA，，，，概率，，，，道具，，，，QSmooth，，，，QSVAR，，，，setools，，，，Singlecelltk，，，，扳机
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构建报告

包装档案

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源包	sva_3.44.0.tar.gz
Windows二进制	sva_3.44.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sva_3.44.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sva
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/sva
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/sva/
软件包下载报告	下载统计