surfaltr

DOI:10.18129 / B9.bioc.surfaltr

利用surfaltr快速比较表面蛋白异构体膜拓扑结构

Bioconductor版本:发行版(3.16)

细胞表面蛋白是可药物蛋白质组的主要组成部分，可用于组织特异性寡核苷酸/细胞治疗。另外，剪接的表面蛋白异构体在亚细胞定位和/或跨膜(TM)拓扑结构上存在差异。表面蛋白是疏水的，很难研究，因此需要使用TM拓扑预测方法，如TMHMM和Phobius。然而，需要生物信息学方法来简化异构体的批量处理，以便比较和可视化拓扑结构。为了解决这个问题，我们开发了一个R包surfaltr。它将输入的异构体(已知的、拼接的或新颖的)与它们的APPRIS注释的主要对口配对，使用TMHMM或Phobius预测它们的TM拓扑，并生成可定制的图形输出。此外，surfaltr通过结合三种不同的排名指标和蛋白质校准功能，促进了生物多样性异构体对的优先级排序。这里提到的项目的引用可以在小插图中找到。

作者:Pooja Gangras [aut, cre]——阿蒂蒂·麦钱特[au]

维护:Pooja Gangras

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“surfaltr”)

超文本标记语言	R脚本	surfaltr_vignette
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	dplyr(> = 1.0.6),biomaRt(> = 2.46.0),protr(> = 1.6 2),seqinr(> = 4.2 5),ggplot2(>= 3.3.2)， utils (>= 2.10.1)，stringr(> = 1.4.0),Biostrings(> = 2.58.0),readr(> = 1.4.0),httr(> = 1.4.2),testthat(> = 3.0.0),xml2(> = 1.3.2),msa(>= 1.22.0)，方法(>= 4.0.3)
链接
建议	knitr，rmarkdown，devtools，kableExtra
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	surfaltr_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	surfaltr_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	surfaltr_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	surfaltr_1.4.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/surfaltr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/surfaltr
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/surfaltr/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/surfaltr/
软件包下载报告	下载数据