supersigs

DOI:10.18129 / B9.bioc.supersigs

监督突变签名

Bioconductor版本:发行版(3.15)

从癌症基因组中的单个核苷酸变异中生成SuperSigs(监督突变签名)。包中包含的函数允许用户从数据中学习受监督的突变签名，并将其应用到新数据中。该方法基于Afsari (2021, ELife)中描述的方法。

作者:Albert Kuo [aut, cre]，张一凡[aut]， Bahman Afsari [aut]， Cristian Tomasetti [aut]

维护者:Albert Kuo

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("supersigs")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“supersigs”)

超文本标记语言	R脚本	使用supersigs
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	为了，脱字符号，dplyr，tidyr，rsample、方法、rlang跑龙套,Biostrings统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，knitr，rmarkdown，ggplot2，testthat，VariantAnnotation
SystemRequirements
增强了
URL	https://tomasettilab.github.io/supersigs/
BugReports	https://github.com/TomasettiLab/supersigs/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	supersigs_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	supersigs_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	supersigs_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/supersigs
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ supersigs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/supersigs/
包下载报告	下载数据