strandCheckR

DOI:10.18129 / B9.bioc.strandCheckR

计算strandness bam文件信息

Bioconductor版本:版本(3.13)

这个包的目的是量化和删除公认的从strand-specific RNA双链DNA样本。也有选择和方法绘制所有滑动窗口的正/负比例,这允许用户了解多少样品的污染和适当的阈值用于过滤。

作者:Thu-Hien (aut (cre),史蒂夫Pederson (aut)

维护人员:Thu-Hien < tothuhien gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“strandCheckR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“strandCheckR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“strandCheckR”)

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细节

biocViews bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本 1.10.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(2.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于
进口 dplyr,magrittr,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,S4Vectors、网格BiocGenerics,ggplot2,reshape2统计数据,gridExtra,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene、方法、stringr
链接
建议 BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 strandCheckR_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 strandCheckR_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉) strandCheckR_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/strandCheckR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ strandCheckR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/strandCheckR/
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