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- Bioconductor 3.13
- 软件包
- strandCheckR
strandCheckR
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DOI:10.18129 / B9.bioc.strandCheckR
计算strandness bam文件信息
Bioconductor版本:版本(3.13)
这个包的目的是量化和删除公认的从strand-specific RNA双链DNA样本。也有选择和方法绘制所有滑动窗口的正/负比例,这允许用户了解多少样品的污染和适当的阈值用于过滤。
作者:Thu-Hien (aut (cre),史蒂夫Pederson (aut)
维护人员:Thu-Hien < tothuhien gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“strandCheckR”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“strandCheckR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“strandCheckR”)
| HTML | R脚本 | 介绍strandCheckR |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.10.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(2.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 2) |
| 取决于 | |
| 进口 | dplyr,magrittr,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,S4Vectors、网格BiocGenerics,ggplot2,reshape2统计数据,gridExtra,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene、方法、stringr |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | strandCheckR_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | strandCheckR_1.10.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | strandCheckR_1.10.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/strandCheckR |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ strandCheckR |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/strandCheckR/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
