standR

DOI:10.18129 / B9.bioc.standR

纳米串DSP数据的空间转录组分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

standR是一个用户友好的R包，提供功能，以协助进行Nanostring的GeoMX DSP数据的良好实践分析。包中的所有功能都基于SpatialExperiment对象构建，允许集成到来自Bioconductor的各种空间转录组学相关包中。standR允许数据检查，质量控制，标准化，批量校正和评估与信息可视化。

作者:刘宁[aut, cre]，德哈米斯·布瓦[au]，艾哈迈德·穆罕默德[aut]

维护者:宁刘<刘。N at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“standR”)

超文本标记语言	R脚本	standR_introduction
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1)
进口	dplyr，SpatialExperiment(> = 1.5.2),SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，刨边机，rlang，readr，宠物猫，ggplot2，tidyr，ruv，limma，拼接而成，S4Vectors，Biobase，BiocGenerics， grDevices, stats, methods，ggalluvial，mclustcomp，RUVSeq
链接
建议	knitr，ExperimentHub，rmarkdown，嘘，uwot，ggpubr，ggrepel，集群，testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/DavisLaboratory/standR
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/standR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	standR_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	standR_1.2.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	standR_1.2.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	standR_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/standR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/standR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/standR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/standR/
软件包下载报告	下载数据