sscu

DOI:10.18129 / B9.bioc.sscu

所选密码子使用的强度

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包计算了细菌物种密码子使用的选择性强度指数。(1)包可以根据Paul Sharp的方法计算所选密码子使用偏差(sscu，也称为s_index)的强度。该方法考虑了背景突变率，只关注所有细菌种中具有普遍翻译优势的四对密码子。因此，sscu指数在不同物种间具有可比性。(2)包可以通过明石氏检验检测翻译精度选择的强度。该测试将所有密码子按保守/可变氨基酸和最佳/非最佳密码子的特征分为四类。(3)最优密码子列表(选定的密码子)可以通过op_high函数(利用高表达基因与所有基因的比较来识别最优密码子)或op_corre_CodonW/op_corre_NCprime函数(通过Hershberg & Petrov开发的相关方法)计算。用户将得到一个用于进一步分析的最佳密码子列表，例如输入明石明的测试。(4)通过optimal_codon_statistics和genome ic_gc3函数可以计算出详细的密码子使用信息，如RSCU值、high /all基因集中最优密码子个数、基因组gc3值等。(5)此外，我们在包中增加了一个测试函数low_frequency_op。 The function try to find the low frequency optimal codons, among all the optimal codons identified by the op_highly function.

作者:孙宇

维护人员:孙瑜

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sscu")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	2.28.0
在Bioconductor公司	BioC 3.3 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.3)
进口	Biostrings(> = 2.36.4),seqinr(> = 3.1 3),BiocGenerics(> = 0.16.1)
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	sscu_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	sscu_2.28.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	sscu_2.28.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	sscu_2.28.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sscu
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sscu
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sscu/
软件包下载报告	下载数据