Spatzie
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doi：10.18129/b9.bioc.spatzie
从染色质相互作用数据中识别富集的基序对
生物导体版本：版本（3.15）
识别从增强子促销数据中显着富含的基序。虽然增强子促销的注释通常用于定义相互作用锚的组，但Spatzie还支持预处理相互作用锚点之间的共同增强分析。支持从HIC，CHIA-PET和HICHIP等全基因组测定中得出的床PE相互作用数据。还可以用于在两个相互作用实验之间寻找差异丰富的基序对。
作者：Jennifer Hammelman [AUT，CRE，CPH]
，Konstantin Krismer [AUT]，大卫·吉福德[THS，CPH]
维护者：MIT.edu的Jennifer Hammelman
引用（从r内，输入引用（“ Spatzie”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ spatzie”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Spatzie”）
| html | YY1 CHIA-PET主题分析（单呼叫） | |
| html | YY1 CHIA-PET主题分析（逐步） | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.2.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.14（R-4.1）（0.5岁） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 4.1） |
| 进口 | 生物基因，，，，BSGENOME，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，基因组间，，，，基因组机，，，，GGPLOT2，，，，iranges，，，，矩阵，，，，MotifMatchr，，，，S4VECTORS，统计总结性特征，，，，TFBSTOOLS，UTILS |
| 链接 | |
| 建议 | 生物管理器，，，，生物弦，，，，尼特，，，，pheatmap，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm10.nowngene，，，，txdb.mmusculus.ucsc.mm9 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://spatzie.mit.edu |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | spatzie_1.2.0.tar.gz |
| Windows二进制 | spatzie_1.2.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | spatzie_1.2.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatzie |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/spatzie |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/spatzie/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
