麻雀

DOI:10.18129 / B9.bioc.sparrow

通过统一的接口来控制集丰富分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

为来自不同生物导体包的各种GSEA技术提供统一接口。结果被协调成一个单一的对象,可以统一地查询,以便快速地探索和解释结果。通过麻雀提供的闪亮应用程序,可以对GSEA结果进行交互式探索。闪亮的兄弟姐妹包。

作者:Steve Lianoglou [aut, cre], Arkadiusz Gladki [ctb], Denali Therapeutics [fnd] (2018+), Genentech [fnd] (2014 - 2017)

维护者:Steve Lianoglou

引文(从R内,输入引用(“麻雀”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“麻雀”)

超文本标记语言 R脚本 用麻雀进行基因集富集分析
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

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版本 1.4.0
在Bioconductor bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 4.0)
进口 babelgene(> = 21.4),BiocGenericsBiocParallelBiocSet使彻底失败circlizeComplexHeatmap(> = 2.0),data.table(> = 1.10.4),DelayedMatrixStats刨边机(> = 3.18.1),ggplot2(>= 2.2.0),图形,grDevices,GSEABaseirlbalimma矩阵、方法、情节(>= 4.9.0), stats, utils,冬青
链接
建议 AnnotationDbiBiasedUrnBiobase(> = 2.24.0),BiocStyleDESeq2dplyrdtplyrfgseaGSVAGO.dbgoseqhexbinmagrittrmatrixStatsmsigdbr(> = 7.4.1)KernSmoothknitrPANTHER.db(> = 1.0.3),R.utilsreactome.dbrmarkdownSummarizedExperimentstatmodstringrtestthatwebshot
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/lianos/sparrow
BugReports https://github.com/lianos/sparrow/issues
全靠我
进口我
建议我 gCrisprTools
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 sparrow_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 sparrow_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) sparrow_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) sparrow_1.4.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sparrow
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sparrow
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/sparrow/
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