singleCellTK

DOI:10.18129 / B9.bioc.singleCellTK

单细胞RNA-Seq数据的综合和交互式分析

Bioconductor版本:Release (3.15)

singleCellTK包中的单细胞工具包(SCTK)为流行的工具提供了一个接口，用于导入、质量控制、分析和单细胞RNA-seq数据可视化。SCTK允许用户在分析工作流的不同阶段无缝地集成来自不同包的工具。一般的“单点”工作流程使用户能够访问多种方法，用于数据导入、一般QC指标的计算、双态检测、环境RNA估计和去除、过滤、归一化、批量校正或集成、降维、2-D嵌入、聚类、标记检测、差异表达、细胞类型标记、通路分析和数据导出。策展工作流可用于运行Seurat和Celda。可以使用SCTK-QC管道在命令行上执行简化的质量控制。用户可以使用R控制台中的命令或交互式的图形用户界面(GUI)分析他们的数据。具体的分析或整个工作流程可以总结并与Rmarkdown生成的全面HTML报告共享。更多的文档和插图可以在camplab.net/sctk上找到。

作者:王一晨[aut, cre]， Irzam Sarfraz [au]，洪睿[aut]，古贺佑介[aut]，萨拉姆·阿拉卜杜拉提夫[aut]，大卫·詹金斯[aut]， Vidya Akavoor [aut]，曹新云[aut]， Shruthi Bandyadka [aut]， Anastasia Leshchyk [aut]， Tyler Faits [aut]， Mohammed Muzamil Khan [aut]，王哲[aut]， W. Evan Johnson [aut]，约书亚·大卫·坎贝尔[au]

维护者:王一晨

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“singleCellTK”)

超文本标记语言	R脚本	1.singleCellTK简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	2.6.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，SummarizedExperiment，SingleCellExperiment，DelayedArray，Biobase
进口	猿，后面;，BiocParallel，celldex，colourpicker，色彩，cowplot，集群，ComplexHeatmap，data.table，DelayedMatrixStats，DESeq2，dplyr，DT，ExperimentHub，字段，ggplot2，ggplotify，ggrepel，ggtree，gridExtra，GSVA(> = 1.26.0),GSVAdata，igraph，KernSmooth，limma，桅杆，矩阵，matrixStats、方法、msigdbr，乘，情节，plyr，ROCR，Rtsne，S4Vectors，嘘，scMerge(> = 1.2.0),食物，修拉(> = 3.1.3),闪亮的，shinyjs，单，SoupX，股东价值分析，reshape2，shinyalert，circlize，enrichR，celda，shinycssloaders，DropletUtils，scds(> = 1.2.0),网状(>= 1.14)，工具，tximport，鱼池，withr，GSEABase，R.utils，zinbwave，scRNAseq(> = 2.0.2),TENxPBMCData，yaml，rmarkdown，magrittr，scDblFinder，metap，VAM(> = 0.5.3),宠物猫，rlang，TSCAN，TrajectoryUtils，泛型，天窗， utils，统计
链接
建议	testthat，Rsubread，BiocStyle，knitr，lintr，拼写，org.Mm.eg.db，stringr，kableExtra，shinythemes，shinyBS，shinyjqui，shinyWidgets，shinyFiles，BiocGenerics，RColorBrewer，fastmap(> = 1.1.0)
SystemRequirements
增强了
URL	https://www.camplab.net/sctk/
BugReports	https://github.com/compbiomed/singleCellTK/issues
全靠我
进口我
建议我	celda
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	singleCellTK_2.6.0.tar.gz
Windows二进制	singleCellTK_2.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	singleCellTK_2.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/singleCellTK
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/singleCellTK
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/singleCellTK/
软件包下载报告	下载数据