similaRpeak

DOI:10.18129 / B9.bioc.similaRpeak

用于估计两个ChIP-Seq配置文件之间相似程度的度量

Bioconductor版本:发行版(3.15)

这个包计算量化ChIP-Seq配置文件之间相似程度的度量。更具体地说，该包实现了六个伪度量，专门用于ChIP-Seq配置文件中的模式相似性检测。

作者:Astrid Deschênes [cre, aut]， Elsa Bernatchez [aut]， Charles Joly beauparant [aut]， Fabien Claude Lamaze [aut]， Rawane Samb [aut]， Pascal Belleau [aut]， Arnaud Droit [aut]

维护人员:Astrid Deschênes

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("similaRpeak")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“similaRpeak”)

超文本标记语言	R脚本	两个ChIP-Seq配置文件之间的相似性
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载 ，bob 体育平台下载
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R6(> = 2.0)
进口	统计数据
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，knitr，Rsamtools，GenomicAlignments，rtracklayer，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/adeschen/similaRpeak
BugReports	https://github.com/adeschen/similaRpeak/issues
取决于我
进口我
建议我	metagene
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	similaRpeak_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	similaRpeak_1.28.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	similaRpeak_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/similaRpeak
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ similaRpeak
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/similaRpeak/
包下载报告	下载数据