塞文

doi：10.18129/b9.bioc.sevenc

CTCF基曲线的芯片seq相关性捕获计算染色体构象捕获

生物导体版本：版本（3.15）

染色质循环是真核基因组的重要特征，可以在调节靶基因的近距离物理附近中带来调节序列，例如增强子或转录因子结合位点。在这里，我们提供了Sevenc，它是使用ChIP-Seq和序列基序信息的蛋白质结合信号的R软件包来预测染色质环路事件。结合接近环锚的蛋白质的交联导致两个锚点处的芯片seq信号。这些信号在CTCF图案对以及它们彼此之间的距离和方向上使用，以预测它们是否相互作用。所得的染色质环可用于将增强子或转录因子结合位点（例如芯片seq峰）与调控靶基因相关联。

作者：乔纳斯·伊本·塞勒姆[AUT，CRE]

维护者：jonas ibn-Salem

安装

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if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ Sevenc”）

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文档

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版本	1.16.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4年）
执照	GPL-3
要看	r（> = 3.5），互动集（> = 1.2.0）
进口	rtracklayer（> = 1.34.1），生物基因（> = 0.22.0），GenomeInfodB（> = 1.12.2），基因组机（> = 1.28.5），iranges（> = 2.10.3），S4VECTORS（> = 0.14.4），readr（> = 1.1.0），purrr（> = 0.2.2），Data.Table（> = 1.10.4），引导（> = 1.3-20），方法（> = 3.4.1）
链接
建议	测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，基因组间，，，，COVR
系统要求
增强
URL	https://github.com/ibn-salem/sevenc
BugReports	https://github.com/ibn-salem/sevenc/issues
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包装档案

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源包	sevenc_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	sevenc_1.16.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	sevenc_1.16.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sevenc
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/sevenc
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/sevenc/
软件包下载报告	下载统计