seqCAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqCAT

高通量测序细胞认证工具包

Bioconductor版本:版本(3.16)

seqCAT包使用变体调用数据(VCF文件)的形式从高通量测序技术进行身份验证和验证源代码,功能和特点的生物样品中使用科学的努力。

作者:埃里克Fasterius (aut (cre)

维护人员:埃里克Fasterius <埃里克。在outlook.com fasterius >

从内部引用(R,回车引用(“seqCAT”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“seqCAT”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

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细节

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版本 1.20.0
Bioconductor自 BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.6),GenomicRanges(> = 1.26.4),VariantAnnotation(> = 1.20.3)
进口 dplyr(> = 0.5.0),GenomeInfoDb(> = 1.13.4),ggplot2(> = 2.2.1)、网格(> = 3.5.0),IRanges(> = 2.8.2)、方法rtracklayer,rlang,尺度(> = 0.4.1),S4Vectors(> = 0.12.2),统计数据,SummarizedExperiment(> = 1.4.0),tidyr(> = 0.6.1),跑龙套
链接
建议 knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 seqCAT_1.20.0.tar.gz
Windows二进制 seqCAT_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64) seqCAT_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64) seqCAT_1.20.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqCAT
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqCAT
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/seqCAT/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/seqCAT/
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