seqCAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqCAT

高通量测序细胞认证工具包

Bioconductor版本:版本(3.16)

seqCAT包使用变体调用数据(VCF文件)的形式从高通量测序技术进行身份验证和验证源代码,功能和特点的生物样品中使用科学的努力。

作者:埃里克Fasterius (aut (cre)

维护人员:埃里克Fasterius <埃里克。在outlook.com fasterius >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“seqCAT”)

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文档

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HTML	R脚本	seqCAT:高通量测序细胞认证工具包
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细节

biocViews	bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载 ,bob 体育平台下载
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.6 (r - 3.4)(5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6),GenomicRanges(> = 1.26.4),VariantAnnotation(> = 1.20.3)
进口	dplyr(> = 0.5.0),GenomeInfoDb(> = 1.13.4),ggplot2(> = 2.2.1)、网格(> = 3.5.0),IRanges(> = 2.8.2)、方法rtracklayer,rlang,尺度(> = 0.4.1),S4Vectors(> = 0.12.2),统计数据,SummarizedExperiment(> = 1.4.0),tidyr(> = 0.6.1),跑龙套
链接
建议	knitr,BiocStyle,rmarkdown,testthat,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seqCAT_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	seqCAT_1.20.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	seqCAT_1.20.0.tgz
macOS二进制(arm64)	seqCAT_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqCAT
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqCAT
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/seqCAT/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqCAT/
包下载报告	下载数据