片段

doi:10.18129/b9.bioc.sementseq

从高通量测序数据中识别小RNA基因座的方法

生物导体版本:版本(3.13)

高通量测序技术允许生产大量的短序列,可以将其与基因组排列,以创建与基因组的一组匹配。通过寻找匹配密度高的基因组区域,我们可以推断将基因组分割为生物学意义的区域。此软件包中的方法允许考虑重复数据,以创建共识分割,同时从多个样本中分割数据。这在许多类别的测序实验中具有明显的应用,特别是在发现小的RNA基因座和新型mRNA转录组发现中。

作者:Thomas J. Hardcastle

维护者:thomas J. Hardcastle

引用(从r内,输入引用(“ segmentseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.1”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ segmentSeq”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ segmentSeq”)

PDF R脚本 片段:小RNA基因座检测
PDF R脚本 SegmentsSeq:甲基化基因座鉴定
PDF 参考手册

细节

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版本 2.26.0
在生物导体中 Bioc 2.6(R-2.11)(11年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 3.0.0),方法,贝塞克(> = 2.9.0),S4VECTORS, 平行,基因组机,,,,Shortread,统计
进口 rsamtools,,,,iranges,,,,GenomeInfodB,图形,grdevices,utils,艾宾
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源包 segmentseq_2.26.0.tar.gz
Windows二进制 segmentSeq_2.26.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) segmentseq_2.26.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sementseq
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/segmentseq
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/sementseq/
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