颈背
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doi：10.18129/b9.bioc.scruff
单细胞RNA-Seq UMI过滤促进器（SCRUFF）
生物导体版本：版本（3.15）
处理单细胞RNA-SEQ（SCRNA-SEQ）的管道从Cel-Seq和Cel-Seq2方案读取。删除型SCRNA-SEQ FASTQ文件，Align读取使用RSUBREAD参考基因组，并生成UMI过滤计数矩阵。还提供可视化读取对齐方式以及对齐后和对齐后质量控制指标。
作者：Zhe Wang [AUT，CRE]，Junming Hu [Aut]，Joshua Campbell [AUT]
维护者：zhe wang
引用（从r内，输入引用（“ scruff”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）Biocmanager :: install（“ scruff”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ scruff”）
| html | R脚本 | 处理单细胞RNA-seq使用scruff读取 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 | |
| 文本 | 执照 |
细节
| 生物浏览 | bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 ，，，，bob 体育平台下载 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（3.5岁） |
| 执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
| 要看 | R（> = 4.0） |
| 进口 | Data.Table，，，，基因组签名，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，rsamtools，，，，Shortread， 平行，plyr，，，，生物基因，，，，生物比较，，，，S4VECTORS，，，，AnnotationDbi，，，，生物弦， 方法，GGPLOT2，，，，ggthemes，，，，秤，，，，GenomeInfodB，，，，字符串，，，，GGBIO，，，，rtracklayer，，，，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，rsubread |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/campbio/scruff/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | scruff_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scruff_1.14.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | scruff_1.14.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scruff |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/scruff |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scruff/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
